<div dir="ltr">Hi, <div><br></div><div>it is probably not stuck, it asks you for a number of PCs to retain.</div><div><br></div><div>Cheers</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, <span style="font-size:12.8px">Imperial College London</span></div></div><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="https://repidemicsconsortium.org" target="_blank">https://repidemicsconsortium.org</a></span><br></div></div><div><a href="https://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" target="_blank">https://sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="https://github.com/thibautjombart" target="_blank">https://github.com/thibautjombart<br></a></div>Twitter: <a href="https://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 1 October 2016 at 22:30, Alan Garcia-Elfring <span dir="ltr"><<a href="mailto:alangarcia87@hotmail.com" target="_blank">alangarcia87@hotmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_9094229427217753074divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi everyone,</p>
<p><br>
</p>
<p>I'm wondering if anyone has gotten stuck on the find.clusters function?</p>
<p><br>
</p>
<p>I did a DAPC on this exact dataset in some months back and now I want that I redo it to check a different K value and change the colours, but it keeps getting stuck on find.clusters. </p>
<p><br>
</p>
<p>Any idea what may be causing this? If I remember correctly, this step doesn't take long, definitely not more than a day.</p>
<p><br>
</p>
<p></p>
<div>
<div>I've tried on a new mac and also on a PC using<span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:16px"> the </span><span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:16px">parallel
 = FALSE argument. </span></div>
<div><br>
</div>
<div>Any help is appreciated.</div>
<div><br>
</div>
<div>>pldata = read.PLINK("batch_1_recode.<wbr>raw")   <span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:16px"></span></div>
<div><br>
</div>
<div>>grp = find.clusters(pldata, max.n.clust = 15)         ##GETS  STUCK ON THIS</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<br>
</div>
<div><span style="font-size:12pt">/// GENLIGHT OBJECT /////////</span><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div> // 229 genotypes,  62,236 binary SNPs, size: 15.3 Mb</div>
<div> </div>
<div><span style="font-size:12pt"> // Basic content</span><br>
</div>
<div>   @gen: list of 229 SNPbin</div>
<div>   @ploidy: ploidy of each individual  (range: 2-2)</div>
<div><br>
</div>
<div> // Optional content</div>
<div>   @ind.names:  229 individual labels</div>
<div>   @loc.names:  62236 locus labels</div>
<div>   @pop: population of each individual (group size range: 8-20)</div>
<div>   @other: a list containing: sex  phenotype  pat  mat </div>
<div><br>
</div>
<br>
<p></p>
<div id="m_9094229427217753074Signature">
<div><b style="line-height:14.1999998092651px;color:rgb(0,0,128);font-family:Tahoma;font-size:x-small;background-color:rgb(255,255,255)"><font color="000000" face="Tahoma" style="line-height:normal"></font></b></div>
</div>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>