<div dir="ltr">Hi Catalina, <div><br></div><div>I'm sorry for the long delay in the reply, your post was held amongst hundreds of moderated messages. In case it would still be relevant, you want to use 'predict' and get the $posterior from the output. For instance:</div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">> data(H3N2)</font></div><div><font face="monospace, monospace">> pop(H3N2) <- factor(H3N2$other$epid)</font></div><div><font face="monospace, monospace">> dapc1 <- dapc(H3N2, var.contrib=FALSE, scale=FALSE, n.pca=150, n.da=5)</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><div><font face="monospace, monospace">> pred <- predict(dapc1)</font></div><div><font face="monospace, monospace">> names(pred)</font></div><div><font face="monospace, monospace">[1] "assign"     "posterior"  "ind.scores"</font></div><div><font face="monospace, monospace">> head(pred$posterior)</font></div><div><font face="monospace, monospace">              2001         2002         2003         2004         2005</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB434107 0.9977417 2.258268e-03 1.616863e-18 8.134542e-31 6.793613e-41</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB434108 0.9977417 2.258268e-03 1.616863e-18 8.134542e-31 6.793613e-41</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB438242 1.0000000 4.059732e-20 2.300095e-35 5.708029e-47 1.457122e-55</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB438243 1.0000000 3.139077e-22 1.704267e-39 1.603998e-50 1.840345e-58</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB438244 1.0000000 8.422137e-22 1.018917e-39 1.747282e-50 2.828567e-58</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB438245 1.0000000 2.302028e-22 6.767904e-40 4.474589e-49 2.362144e-55</font></div><div><font face="monospace, monospace">                 2006</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB434107 5.738948e-77</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB434108 5.738948e-77</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB438242 6.191441e-88</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB438243 2.226799e-91</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB438244 4.335585e-91</font></div><div><font face="monospace, monospace">AB438245 4.015468e-88</font></div><div><font face="monospace, monospace">> </font></div></div><div>    </div><div><b>Important disclaimer</b>: these values are group assignment probabilities defined based on a geometric criteria. They are not probabilities that genotypes come from each group as in STRUCTURE, so they cannot be directly compared. We are currently developing a STRUCTURE equivalent approach for this (though much faster), which will be an actual likelihood. Depending on how time-sensitive your work is, you may want to look into this new approach. If so, be in touch via email.</div><div><br></div><div>All the best</div><div>Thibaut </div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, <span style="font-size:12.8px">Imperial College London</span></div></div><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="https://reconhub.github.io/" target="_blank">https://reconhub.github.io/</a></span><br></div></div><div><a href="https://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" target="_blank">https://sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="https://github.com/thibautjombart" target="_blank">https://github.com/thibautjombart<br></a></div>Twitter: <a href="https://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 12 August 2016 at 22:08, Catalina Salgado <span dir="ltr"><<a href="mailto:csalgados@gmail.com" target="_blank">csalgados@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello all!<div><br></div><div>First apologize in advance if this question seems pretty basic.</div><div>I have been using adegenet lately and I understand mostly everything. But I could not find the way to get the membership probabilities (the actual values) that where calculated when a DAPC analysis was done. </div><div>I would like to have this file or information so I can compare it with STRUCTURE membership probabilities.</div><div><br></div><div>Thank you very much in advance!</div><div><br></div><div>Best,<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature">Catalina Salgado</div><div data-smartmail="gmail_signature">USDA-ARS</div><div data-smartmail="gmail_signature">Beltsville, MD</div><div data-smartmail="gmail_signature">USA<br></div>
</font></span></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>