<div dir="ltr">Odd indeed. Are there any NAs in 'X'?<div><br></div><div>Cheers</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology<br></div></div>Imperial College London<br><a href="https://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">https://sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="https://github.com/thibautjombart" target="_blank">https://github.com/thibautjombart<br></a></div>Twitter: <a href="https://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 5 August 2016 at 10:34, Mark Coulson <span dir="ltr"><<a href="mailto:Mark.Coulson.ic@uhi.ac.uk" target="_blank">Mark.Coulson.ic@uhi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-GB" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div>
<p class="MsoNormal">Hello,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Yesterday I ran  the following code and everything worked just fine. Today I simply opened up my script and re-ran it and got the following<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">laidon <- import2genind("laidon_project_<wbr>data_no_sibs.str")<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">X <- tab(laidon, freq=TRUE, NA.method="mean") <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">D <- dist(X)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">D <- as.matrix(D)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">h1 <- hclust(D, method="complete")<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="line-height:11.25pt;background:white;word-break:break-all">
<span style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console";color:#c5060b">Error in if (<a href="http://is.na" target="_blank">is.na</a>(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") :
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="line-height:11.25pt;background:white;word-break:break-all">
<span style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console";color:#c5060b">  missing value where TRUE/FALSE needed</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Console";color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Not sure what this error means but more confused as to why suddenly it isn’t working. Nothing else has changed<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Mark<u></u><u></u></p>
</div>
Inverness College UHI, a partner in the University of the Highlands and Islands <a href="http://www.inverness.uhi.ac.uk" target="_blank">www.inverness.uhi.ac.uk</a> Board of Management of Inverness College (known as Inverness College UHI), Scottish Charity No SC021197.
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>