
<html><body><div style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000"><div>Hi,</div><div><br data-mce-bogus="1"></div><div>I have looked at the sources on GitHub but they don't reveal anything interesting. Digging up stuff from 2013 on CRAN, though, shows that the method (R matches "met" to this argument) has been omitted in the 1.3-8 version from May 2013. This argument is thus no longer available, unfortunately the documentation hasn't followed suit yet. I will open a ticket on GitHub so that this can be resolved, once and for all.</div><div><br data-mce-bogus="1"></div><div>Cheers,</div><div>Roman</div><div><br></div><div data-marker="__SIG_PRE__">----<br>In god we trust, all others bring data.</div><br><hr id="zwchr" data-marker="__DIVIDER__"><div data-marker="__HEADERS__"><b>From: </b>"Stephen Attwood" <swahuaxi@yahoo.com><br><b>To: </b>adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org<br><b>Sent: </b>Monday, June 13, 2016 3:02:24 PM<br><b>Subject: </b>[adegenet-forum] scaleGen error using method="binom"<br></div><br><div data-marker="__QUOTED_TEXT__"><div style="color: #000; background-color: #fff; font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;" data-mce-style="color: #000; background-color: #fff; font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;"><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27077">Dear All</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27210"><br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27214">I am having a problem using scaleGen, so I tried going back to the adegenet tutorial and I get the same error:</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27512" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27259" dir="ltr">data(microbov)</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27300" dir="ltr">obj <- genind2genpop(microbov)<br id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27303">X1 <- scaleGen(obj)</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27319" dir="ltr">X2 <- scaleGen(obj,met="bin")</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27347" dir="ltr">Error in .local(x, ...) : unused argument (met = "bin")</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27382" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27390" dir="ltr">I get the same error with my own data (I also tried method = "binary", method = "bin", etc)<br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27079"><br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27475">X1 is as expected, but X2 is obviously not assigned</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27557" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27609" dir="ltr">I have the following packages loaded:</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27566" dir="ltr">library(ade4)<br id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27564">library(adegenet)<br id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27565">library(spdep)</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27567" dir="ltr">library ("OpenStreetMap")</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27684" dir="ltr">library(ape)<br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27086"><br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27124">Using adegenet 2.0.2 and R version 3.2.5 (2016-04-14); platform x86_64-pc-linux-gnu</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27730" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27737" dir="ltr">If someone could suggest what I might have overlooked, that would be a great help - I am probably missing a package somewhere. I thought it would be a common problem, but I haven't found it on Google - perhaps the solution is so simple. At the moment it is eluding me.<br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27780" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27772" dir="ltr">Thank you.</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27844" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1465813649484_27843" dir="ltr">Stephen<br></div></div><br>_______________________________________________<br>adegenet-forum mailing list<br>adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org<br>https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum<br></div></div></body></html>