<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>yes, this argument has been removed as it had no real use besides a cosmetic difference in the way of computing the variances (which were numerically the same with any method).</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology<br></div></div>Imperial College London<br><a href="https://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">https://sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="https://github.com/thibautjombart" target="_blank">https://github.com/thibautjombart<br></a></div>Twitter: <a href="https://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 14 June 2016 at 09:11, Roman Luštrik <span dir="ltr"><<a href="mailto:roman.lustrik@biolitika.si" target="_blank">roman.lustrik@biolitika.si</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:12pt;color:#000000"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I have looked at the sources on GitHub but they don't reveal anything interesting. Digging up stuff from 2013 on CRAN, though, shows that the method (R matches "met" to this argument) has been omitted in the 1.3-8 version from May 2013. This argument is thus no longer available, unfortunately the documentation hasn't followed suit yet. I will open a ticket on GitHub so that this can be resolved, once and for all.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Roman</div><div><br></div><div>----<br>In god we trust, all others bring data.</div><br><hr><div><b>From: </b>"Stephen Attwood" <<a href="mailto:swahuaxi@yahoo.com" target="_blank">swahuaxi@yahoo.com</a>><br><b>To: </b><a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br><b>Sent: </b>Monday, June 13, 2016 3:02:24 PM<br><b>Subject: </b>[adegenet-forum] scaleGen error using method="binom"<br></div><br><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:16px"><div>Dear All</div><div><br></div><div dir="ltr">I am having a problem using scaleGen, so I tried going back to the adegenet tutorial and I get the same error:</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">data(microbov)</div><div dir="ltr">obj <- genind2genpop(microbov)<br>X1 <- scaleGen(obj)</div><div dir="ltr">X2 <- scaleGen(obj,met="bin")</div><div dir="ltr">Error in .local(x, ...) : unused argument (met = "bin")</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">I get the same error with my own data (I also tried method = "binary", method = "bin", etc)<br></div><div><br></div><div dir="ltr">X1 is as expected, but X2 is obviously not assigned</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">I have the following packages loaded:</div><div dir="ltr">library(ade4)<br>library(adegenet)<br>library(spdep)</div><div dir="ltr">library ("OpenStreetMap")</div><div dir="ltr">library(ape)<br></div><div><br></div><div dir="ltr">Using adegenet 2.0.2 and R version 3.2.5 (2016-04-14); platform x86_64-pc-linux-gnu</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">If someone could suggest what I might have overlooked, that would be a great help - I am probably missing a package somewhere. I thought it would be a common problem, but I haven't found it on Google - perhaps the solution is so simple. At the moment it is eluding me.<br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Thank you.</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Stephen<br></div></div><br>_______________________________________________<br>adegenet-forum mailing list<br><a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br><a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a><br></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>