<div dir="ltr"><br>​Hello fellow <i>adegenet</i> users and contributors,<div><br></div><div>I would like to know if the way I converted a genind object to a genlight object is the proper way, and why does the genlight object is more than twice as big as the genind object, when the genlight-class purpose is among others, to have a more efficient storage. <br><br>Is this discrepancy a signal I am doing something wrong?</div><div><br></div><div>I took only the allele count numbers of the second allele as suggested in the " Formal "genlight-class" R documentation.<br><br>Code:<br><div><br></div><div>OMOgenind<-df2genind(OMOloc,ploidy=2,sep=",",NA.char="-9",type="codom",ind.names=make.unique(as.character(OMO[,1]),sep="sec"));<br></div><div><br></div><div><div>OMOgen<-OMOgenind@tab[,-seq(2,dim(OMOloc)[2],2),drop=FALSE]; # I take only the second column (allele) for each locus.</div><div><br></div><div>OMOgenlight<-new("genlight",gen=OMOgen,ploidy=2,ind.names=make.unique(as.character(OMO[,1]),sep="sec"));</div></div><div><br></div><div>Output:<br></div><div><br></div><div><img src="cid:ii_ilvqnct93_15382b3132f1ac75" width="562" height="391"><br>​<br></div><br>Have a nice day and thank you in advance,</div><div><br></div><div>Julian Wittische<br>PhD student<br>Université de Montréal<br><br>PS: I found issues with using the NA.char argument in df2genind() in the previous version and found a lengthy custom fix so thank you very much for fixing it in 2.0.1.</div></div><div id="DDB4FAA8-2DD7-40BB-A1B8-4E2AA1F9FDF2"><br>
<table style="border-top:1px solid #aaabb6">
        <tr>
                <td style="width:470px;padding-top:20px;color:#41424e;font-size:13px;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;line-height:18px">This email has been sent from a virus-free computer protected by Avast. <br><a href="https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campaign=sig-email&utm_content=webmail" target="_blank" style="color:#4453ea">www.avast.com</a>
                </td>
        </tr>
</table><a href="#DDB4FAA8-2DD7-40BB-A1B8-4E2AA1F9FDF2" width="1" height="1"></a></div>