<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hello,
<br>
<br>
have you tried 'summary'? Note, the current devel version is better (previous summary was returning invisibly a list).
<br>
<br>
Cheers<br>
Thibaut<br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div class="PlainText"><br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF89982"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org [adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org] on behalf of Simon Nadeau [simon.nadeau.ubc@gmail.com]<br>
<b>Sent:</b> 19 November 2015 23:00<br>
<b>To:</b> adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org<br>
<b>Subject:</b> [adegenet-forum] How to get observed heterozygosity per population<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">Hi,
<div><br>
</div>
<div>      I have recently been using the various features of adegenet unsing genind objects and I works great so far. However, I can't seem to be able to find easy summary stats:</div>
<div><br>
</div>
<div>Observed heterozygosity per population: this would be very handy but I only found the function Hs (expected heterozygosity).</div>
<div><br>
</div>
<div>Global allele frequencies per loci: there is a nice histogram of minor allele frequencies on page 30 of the adegenet genomic tutorial, but I can't find how to generate the same plot using genind objects.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you very much for your help,</div>
<div><br>
</div>
<div>Simon<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div class="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div><font color="#3d85c6" size="4">Simon Nadeau, M. Sc.</font></div>
<div><font color="#3d85c6"><font size="3">Biologiste / Biologist</font></font></div>
<div><strong><font color="#007f00" size="3"></font></strong><br>
</div>
<div>
<div>Ressources naturelles Canada, Service canadien des forêts, Centre de foresterie des Laurentides / Natural Resources Canada, Canadian Forest Service, Laurentian Forestry Centre</div>
<div>1055 rue du P.E.P.S., C.P. 10380 succ. Sainte-Foy, Québec (Québec), Canada G1V 4C7</div>
</div>
<div><a href="mailto:Simon.Nadeau.UBC@gmail.com" style="font-size:12.8000001907349px" target="_blank">Simon.Nadeau@a</a><span style="font-size:12.8000001907349px; color:rgb(0,0,255)"><a href="http://lumni.ubc.ca" target="_blank">lumni.UBC.ca</a>, </span><u style="color:rgb(0,0,255); font-size:12.8000001907349px">
<div style="display:inline!important"><a href="mailto:Simon.Nadeau@RNCan-NRCan.gc.ca" target="_blank">Simon.Nadeau@canada.ca</a></div>
</u></div>
<div><span style="font-size:12.8000001907349px">Tel: (604) 349-5196</span><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>