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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am trying to use R to reformat the output from Fluidigm genotyping software into a data frame that can then be used by df2genind. I’ve attached my starting file, which has 95 individuals + 1 negative control genotyped at 96 loci (biallelic
SNPs). I’ve processed the file as follows: <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>data <- read.csv("run4_set1.csv", header =T, skip=15)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>keeps <- c("Assay","Name","Converted")<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>data2 <- data[keeps]<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>data2$Converted <- gsub('No Call','NA',data2$Converted)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>data2 <- data2[- grep("NTC",data2$Converted),]<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>data2$Converted <- gsub('A','1',data2$Converted)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>data2$Converted <- gsub('C','2',data2$Converted)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>data2$Converted <- gsub('G','3',data2$Converted)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>data2$Converted <- gsub('T','4',data2$Converted)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>data2$Converted <- gsub('N1','NA:NA',data2$Converted)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>library(reshape)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>data3 <- cast(data2,Name~Assay)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>obj <- df2genind(data3,ploidy=2,sep=":")<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">When I then call “obj” in R I get:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>/// GENIND OBJECT /////////<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>// 95 individuals; 96 loci; 255 alleles; size: 162.5 Kb<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>// Basic content<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b> @tab: 95 x 255 matrix of allele counts<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b> @loc.n.all: number of alleles per locus (range: 1-3)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b> @loc.fac: locus factor for the 255 columns of @tab<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b> @all.names: list of allele names for each locus<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b> @ploidy: ploidy of each individual (range: 2-2)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b> @type: codom<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b> @call: df2genind(X = data3, sep = ":", ploidy = 2)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>// Optional content<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b> - empty –<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">It looks to me like my “NA” is being read as a third allele (as my loc.n.all range should be 1-2, not 1-3, correct?). I’ve also tried:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>obj <- df2genind(data3,ploidy=2,missing=NA,sep=":")<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">But I end up with the same results + the following error:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>Error in df2genind(data3, ploidy = 2, missing = NA, sep = ":") :
<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b> unused argument (missing = NA)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Could anyone give me some feedback regarding whether or not my NA is actually being recognized as missing data? If not, any suggestions as to how to fix the problem?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Many thanks,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Jackie<o:p></o:p></p>
</div>
</body>
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