<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi David,
<br>
<br>
yes, the conversion from genlight to genind is still on the TODO list. The reason for this not existing so far is that I designed genlights to be used when genind objects cannot - ie. when the RAM would explode to store data as genind.<br>
<br>
Cheers<br>
Thibaut <br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div class="PlainText">            <br>
<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF931354"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org [adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org] on behalf of David Dayan [snook91901@gmail.com]<br>
<b>Sent:</b> 22 October 2015 17:34<br>
<b>To:</b> adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org<br>
<b>Subject:</b> [adegenet-forum] Resampling loci from a large genlight<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">Hi all,
<div><br>
</div>
<div>I'm looking to sample loci from a single population in a large genlight object (13850 loci, 872 diploid individuals), and convert this genlight information to a genind object (to use across other packages/adegenet functions). </div>
<div><br>
</div>
<div>Simulated example (calculating He using the Hs() function from 100 sampled loci):</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>> simdata<-glSim(10,500, ploidy=2)</div>
<div>> pop(simdata)<-rep(c("a","b"),5)</div>
<div>> Hs(df2genind(as.data.frame(seppop(simdata)$a[,sample(1:500, 100)]),sep="/t",ploidy=2))</div>
<div><br>
</div>
<div>This is problematic because the df2genind(as.data.frame(genlight)) method doesn't seem to work for diploid data (see below).<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>> sim2sampled_genind<-df2genind(as.data.frame(seppop(simdata)$a[,sample(1:500, 100)]),sep="/t",ploidy=2)</div>
<div>> head(sim2sampled_genind@tab)</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>This produces a genind that stores data as binary and therefore cannot represent my actual data (diploid + missing data).</div>
<div><br>
</div>
<div>I realize that starting from a genind object and using the @tab slot will solve this, but resampling from a genind this size is exceptionally slow and my ultimate goal is to work this script into a bootstrapping procedure:<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>So, (a) any advice on converting genlight to genind for diploid data? or (b) is there a better way to sample loci for bootstrapping that is computationally efficient/fast?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>David Dayan</div>
<div>Rosenstiel School of Marine and Atmospheric Science</div>
<div>University of Miami</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>