
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1" class="" style="word-wrap:break-word">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;"><br>

<div><font size="2">Hi there, <br>

<br>

this is hard to tell without a reproducible example. Can you post data+code as a new issue on github?<br>

<br>

Cheers<br>

Thibaut<br>

</font>

<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">

<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">

<div class="PlainText"><br>

</div>

</span></font></div>

</div>

</div>

<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">

<hr tabindex="-1">

<div style="direction: ltr;" id="divRpF674918"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org [adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org] on behalf of Karl Fetter [kfetter@uvm.edu]<br>

<b>Sent:</b> 27 October 2015 14:50<br>

<b>To:</b> adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at<br>

<b>Subject:</b> [adegenet-forum] Error in constructing dist.genpop object<br>

</font><br>

</div>

<div></div>

<div>Hi Adegenet users<br class="">

<br class="">

I have a question regarding an error in adegent I want to run by you all. I'm trying to calculate isolation by distance using about 1600 SNP loci.<br class="">

<br class="">

<div class="">Here's the error:<br class="">

<br class="">

</div>

<div class="">> Dgen_rw <- dist.genpop(gp_rw, method = 2)<br class="">

Error in out[, colnames(x@tab), drop = FALSE] : subscript out of bounds<br class="">

<br class="">

<br class="">

To get to this point, I:</div>

<div class="">read in SNP loci as a .geno object<br class="">

Convert .geno -> genind<br class="">

Read in population names<br class="">

Convert genind -> genpop and provide popnames<br class="">

run the dis.genpop() function.<br class="">

<br class="">

Any ideas why the subscript is being returned as out of bounds?<br class="">

<br class="">

Thanks in advance for your help,</div>

<div class=""><br class="">

Karl Fetter<br class="">

<div class="">

<div class="" style="color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px; word-wrap:break-word">

<div class=""><br class="Apple-interchange-newline">

Graduate Student</div>

<div class="">Keller Lab</div>

<div class="">Department of Plant Biology</div>

<div class="">University of Vermont</div>

<div class=""><a href="mailto:kfetter@uvm.edu" class="" target="_blank">kfetter@uvm.edu</a></div>

<div class=""><br class="">

</div>

</div>

<br class="Apple-interchange-newline" style="color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-size:12px; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px">

<br class="Apple-interchange-newline">

</div>

<br class="">

</div>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>