<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>During my data analysis I have identified individuals that I want to remove from the genind object - as opposed to removing those individuals from my genepop file and re-reading it back into R as a genind object.</div><div><br></div><div>I created a list of individual names (I formatted the genind object so that the individuals are named according to my sample names) and used it to subset the matrix stored in the @tab slot.</div><div><br></div><div><br></div><div>     # create list of individuals (rows) to remove from @tab slot<br></div><div>     removeInd <- c("Ind5", "Ind10", "Ind60")</div><div><br></div><div>     # remove individuals from @tab slot</div><div>     data@tab <- data@tab[!row.names(data@tab) %in% removeInd,]</div><div><br></div><div><br></div><div>When I check the dimensions of the @tab slot and the number of individuals in the genind object, the returned number indicate that the individuals in the list have been removed from the genind object.</div><div><br></div><div>     # number of rows and columns in @tab slot</div><div>     dim(GTF_genotypes@tab)</div><div><br></div><div>     # number of Individuals in genind object</div><div>     nInd(GTF_genotypes)</div><div><br></div><div>But when I check the length of the vector stored in the @pop slot it hasn't changed, same for the information @strata slot.</div><div><br></div><div>     # number of individuals in @pop slot</div><div>     length(GTF_genotypes@pop)</div><div><br></div><div>Is there a way to remove individuals from the genind object so that that change is then reflected in all the slots of the genind object?</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Shannon</div><div><br></div><div><br></div>------------------------------------------------------------------------<br><div><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">Shannon J. O'Leary</span><br></div><div>Postdoctoral Research Associate</div><div>Marine Genomics Lab</div><div>Harte Research Institute for Gulf of Mexico Studies</div><div>Texas A&M Corpus Christi</div></div></div>
</div>