<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">Hello,</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">I'm working my way through the DAPC manual for genind objects, and after trying to run </font></div><div class="gmail_default" style=""><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">> table(pop(data_full), NumClust$grp)</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">#got the error</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">Error in (function (classes, fdef, mtable)  : </font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">  unable to find an inherited method for function ‘pop’ for signature ‘"matrix"’</font></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">My full dataset has the name data_full (equivalent to the "x" dataset name in the manual), and the NumClust variable contains the information from the find.cluster section (equivalent to the "grp" variable used in the manual).</font></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">I'm wondering if you know what could cause this.</font></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">Commands that I have executed thus are are:</font></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1"><br></font></div><div style=""><div style=""><font color="#0000ff" size="1">data <- read.structure("C:/Users/Ella Bowles/Documents/PhD Ecology Evolution/Data/GBS_2013_run/stacks_run_08/populations_08c9 results_this is the data used for pop gen and genet architec chaps/batch_1_8c9_modified.stru", n.ind = 186, n.loc = 4099, onerowperind = FALSE, col.lab = 1, col.pop = 2, col.others = NULL, row.marknames = 2, NA.char = "0", ask = TRUE)</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">data</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">#slots are accessed using both @ and $ (data are S4 object)</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">popNames(data)</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">sum(<a href="http://is.na">is.na</a>(data$tab))</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">#there are [1] 76822 missing data</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">#replace them with scaleGen</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">#calling new dataset "data_full)</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">data_full <- scaleGen(data, NA.method="mean")</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">class(data_full)</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">dim(data_full)</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">#note disable scaling in dudi.pca, which would erase scaling choice made earlier in scaleGen</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">NumClust <- find.clusters(data_full, max.n.clust=150)</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">150 #number of PCs to retain</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">20 #choosing number of clusters</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">names(NumClust)</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"> #names(NumClust)</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">#[1] "Kstat" "stat"  "grp"   "size" </font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">head(NumClust$Kstat, 20) #BIC for different values of k</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"># K=1      K=2      K=3      K=4      K=5      K=6      K=7      K=8      K=9     K=10     K=11     K=12     K=13 </font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">1660.250 1652.460 1646.640 1645.846 1647.815 1648.798 1650.835 1654.304 1657.618 1661.039 1664.529 1668.123 1671.439 </font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">    K=14     K=15     K=16     K=17     K=18     K=19     K=20 </font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">1675.647 1678.779 1682.386 1685.970 1689.871 1693.475 1697.183 </font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">#looks like k=4 is best</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">#some other stats that I didn't find useful, see p 6 of dapc manual</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">head(NumClust$grp, 20)</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">NumClust$size #group sizes</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"># [1]  5  6  4  1 19  2 16  3  1 12  7 15 11  2  1 14  7 14 45  1</font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1"><br></font></div><div style=""><font color="#0000ff" size="1">table(pop(data_full), NumClust$grp)</font></div></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">Many thanks,</font></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1">Ella</font></div><div style="color:rgb(0,0,255)"><font size="1"><br></font></div></div><font size="1">-- <br></font><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font size="1">Ella Bowles<br>PhD Candidate </font></div><div><font size="1">Biological Sciences</font></div>
<div><font size="1">University of Calgary<br><br>e-mail: <a href="mailto:ebowles@ucalgary.ca" target="_blank">ebowles@ucalgary.ca</a>, <a href="mailto:bowlese@gmail.com" target="_blank">bowlese@gmail.com</a></font></div><div><font size="1">website: <a href="http://ellabowlesphd.wordpress.com/" rel="nofollow me" style="color:rgb(59,89,152);font-family:'lucida grande',tahoma,verdana,arial,sans-serif;line-height:17px" target="_blank">http://<span style="display:inline-block"></span>ellabowlesphd.wordpre<span style="display:inline-block"></span>ss.com/</a></font></div></div></div>
</div>