<div dir="ltr"><div>Hi,</div>I am having trouble importing my data into adegenet using the read.PLINK command.  I have converted my data into a plink.raw file using --recodeA, but am getting an error when I try to load my data:<div><br><div>







<font size="1">MIplink <- read.PLINK("plink.raw")<br>Reading PLINK raw format into a genlight object... <br>Reading loci information... <br>Reading and converting genotypes... <br>.Error in (function (classes, fdef, mtable)  : <br>  unable to find an inherited method for function ‘nLoc’ for signature ‘"try-error"’<br>In addition: Warning message:<br>In mclapply(txt, function(e) new("SNPbin", snp = e, ploidy = 2),  :<br>  1 function calls resulted in an error</font><p class="">I am also having trouble using the extract.PLINKmap command and get this error:</p><font size="1">Pmap <- extract.PLINKmap("batch_1.plink.map")<br>Error in factor(txt[ord, 1]) : object 'ord' not found<br>In addition: Warning message:<br>In matrix(txt, ncol = 4, byrow = TRUE) :<br>  data length [3997] is not a sub-multiple or multiple of the number of rows [1000]</font><p class="">In looking through the archives, I have seen that other people have encountered similar problems, but I couldn't find a posted solution.  The problem with read.PLINK was posted in the July 2014 archives subject read.PLINK error, and the problem with extract.PLINKmap was posted in the January 2013 archives subject extract.PLINKmap.  </p><p class="">My apologies if I'm being redundant or missing the solutions somehow. Any feedback would be great!  </p>I'm using adegenet version 2.0.1<br>>packageDescription("adegenet", field="Version")<br>>[1] "2.0.1"<p class="">Thanks so much.</p><p class="">-Kristin</p></div></div></div>