
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">

Hi,</div>

<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">

<br>

</div>

<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">

I am using adegenet to perform a DAPC on some SNP data. When I run the DAPC using the following command:</div>

<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">

Dapc_cnt75_cl94_all <- dapc(cnt75_cl94_all, grp=Cluster_cnt75_cl94_k15$grp</div>

<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">

I get this error: Error in svd(X, nu = 0L) : infinite or missing values in ‘x’</div>

<div>I have checked that all the group memberships are in the input file using “pop(cnt75_cl94<span style="font-style: italic;">_</span>all)” and all group memberships are present.</div>

<div>The code I use to read in the original structure input file is:</div>

<div>

<div>cnt75_cl94_all <- read.structure("../Excelformat_cnt75_cl94_2-16_ml80_maf0.10_missing0.8_hwe0.05.stru", n.ind=98, n.loc=735, onerowperind=TRUE, col.lab=1, col.pop=2, row.marknames=1, NA.char="0", missing=0)</div>

</div>

<div><br>

</div>

<div>I am not sure why I am getting this error. I have attached my input file. Any help would be much appreciated.</div>

<div><br>

</div>

<div>Thanks,</div>

<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">

<span style="font-family: Calibri;">Laura</span></div>

<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">

<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri"><br>

</font></font></div>

<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri">PhD Candidate</font></font></div>

<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri">Department of Ecology, Environment and Evolution| La Trobe University | Bundoora 3086 | Australia</font></font></div>

<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri"><br>

</font></font></div>

<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri">m: +61 408 642 006 | e: 17869067@students.latrobe.edu.au</font></font></div>

</div>

</body>

</html>