<div dir="ltr">Hi Mariana, and  Jombart<div><i><br></i></div><div>Thank you for your suggestions.  I was finally successful with creating and customising  the scatter plot.  I am now attempting to cross validate the DAPC analysis using the code: </div><div><br></div><div>x1 <- LDA.scores<br></div><div><div>mat <- as.matrix(x1, method="mean")</div><div>grp <- x1</div><div>xval <- xvalDapc(mat, grp2, n.pca.max = 300, training.set = 0.7,</div><div>                 result = "groupMean", center = TRUE, scale = FALSE,</div><div>                 n.pca = NULL, n.rep = 30, xval.plot = TRUE)</div></div><div><br></div><div>The output is this error: </div><div><br></div><div><div>Error in sort.list(y) : 'x' must be atomic for 'sort.list'</div><div>Have you called 'sort' on a list?</div></div><div><br></div><div>If this is possible, I have been playing around with this code for a few days and checked online.  Would you happen to have any idea why this is occurring.  Thank you if you can help.</div><div><br></div><div>Best wishes</div><div><br></div><div>Kirsty</div><div><br></div><div class="gmail_extra"><div><div><div>Kirsty Medcalf</div><div> </div><div><a href="mailto:kirsty.m.medcalf@gmail.com" target="_blank">kirsty.m.medcalf@gmail.com</a></div><div> </div><div><a href="tel:%2B447963374030" value="+447963374030" target="_blank">+447963374030</a></div><div> </div><div>skype contact: kirsty.medcalf</div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 23, 2015 at 7:11 AM, Jombart, Thibaut <span dir="ltr"><<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk" target="_blank">t.jombart@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:rgb(0,0,0);font-size:10pt">Hi there,
<br>
<br>
sorry I did not go into the details, but checking for potential mistakes:<br>
<br>
#1<br>
 'na.action' is not an argument in find.clusters<br>
<br>
#2<br>
<span dir="ltr">
<pre style="margin-top:0px;margin-bottom:14pt;padding:5px;border-width:0px;background-color:rgb(238,238,238)"><font face="Consolas,Menlo,Monaco,Lucida Console,Liberation Mono,DejaVu Sans Mono,Bitstream Vera Sans Mono,Courier New,monospace,sans-serif" color="#393318" size="1"><span style="font-size:13px;background-color:rgb(238,238,238)"><font face="Consolas,Menlo,Monaco,Lucida Console,Liberation Mono,DejaVu Sans Mono,Bitstream Vera Sans Mono,Courier New,monospace,sans-serif" color="black" size="-1">x</font><font face="Consolas,Menlo,Monaco,Lucida Console,Liberation Mono,DejaVu Sans Mono,Bitstream Vera Sans Mono,Courier New,monospace,sans-serif" color="black" size="-1"><-Just.V4</font><font face="Consolas,Menlo,Monaco,Lucida Console,Liberation Mono,DejaVu Sans Mono,Bitstream Vera Sans Mono,Courier New,monospace,sans-serif" color="black" size="-1">[</font><font face="Consolas,Menlo,Monaco,Lucida Console,Liberation Mono,DejaVu Sans Mono,Bitstream Vera Sans Mono,Courier New,monospace,sans-serif" color="maroon" size="-1">2</font><font face="Consolas,Menlo,Monaco,Lucida Console,Liberation Mono,DejaVu Sans Mono,Bitstream Vera Sans Mono,Courier New,monospace,sans-serif" color="black" size="-1">:</font><font face="Consolas,Menlo,Monaco,Lucida Console,Liberation Mono,DejaVu Sans Mono,Bitstream Vera Sans Mono,Courier New,monospace,sans-serif" color="maroon" size="-1">13</font><font face="Consolas,Menlo,Monaco,Lucida Console,Liberation Mono,DejaVu Sans Mono,Bitstream Vera Sans Mono,Courier New,monospace,sans-serif" color="black" size="-1">]</font><font face="Consolas,Menlo,Monaco,Lucida Console,Liberation Mono,DejaVu Sans Mono,Bitstream Vera Sans Mono,Courier New,monospace,sans-serif" color="black" size="-1"> <br></font></span></font></pre>
</span>
<div>this looks like a vector to me, not a matrix/data.frame; I am not quite sure what you expect 'grp' to be then.<br>
<br>
As for producing scatterplots with varying factors, see argument 'grp' in ?scatter.dapc<br>
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div>                <br>
Cheers<br>
Thibaut<br>
==============================<br>
Dr Thibaut Jombart<br>
MRC Centre for Outbreak Analysis and Modelling<br>
Department of Infectious Disease Epidemiology<br>
Imperial College - School of Public Health<br>
Norfolk Place, London W2 1PG, UK<br>
Tel. : <a href="tel:0044%20%280%2920%207594%203658" value="+442075943658" target="_blank">0044 (0)20 7594 3658</a><br>
<a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">http://sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br>
<a href="http://sites.google.com/site/therepiproject/" target="_blank">http://sites.google.com/site/therepiproject/</a><br>
<a href="http://adegenet.r-forge.r-project.org/" target="_blank">http://adegenet.r-forge.r-project.org/</a><br>
Twitter: @thibautjombart<br>
<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
<div style="font-family:'Times New Roman';color:rgb(0,0,0);font-size:16px">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2"><b>From:</b> <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a> [<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>] on behalf of Kirsty Medcalf [<a href="mailto:kirsty.m.medcalf@gmail.com" target="_blank">kirsty.m.medcalf@gmail.com</a>]<br>
<b>Sent:</b> 23 September 2015 05:45<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<b>Subject:</b> [adegenet-forum] DAPC<br>
</font><br>
</div><div><div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr"><br clear="all">
<div>
<div>
<div><font size="4"><span style="font-family:verdana,sans-serif">Dear Forum</span><font face="verdana, sans-serif"><br>
</font></font></div>
<div><span style="font-family:verdana,sans-serif"><font size="4"><br>
</font></span></div>
<div><font face="verdana, sans-serif" size="4">This is my first post, so I would like to thank you for your patience. <span style="line-height:19.5px"> The multivariate data that I am using contains two categorical grouping factors (V4 or G8) under the column
 family (response variable) and 12 accompanying predictor variables. The data is called LDA.scores and is found at the bottom of my Stack Overflow page by following the link below, which shows my attempted step-by-step logic and figures.</span></font></div>
<div><span style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:19.5px"><br>
</span></div>
<div><span style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:19.5px"><a href="http://stackoverflow.com/questions/32704902/discriminant-analysis-of-principal-components-and-how-to-graphically-show-the-di" target="_blank">http://stackoverflow.com/questions/32704902/discriminant-analysis-of-principal-components-and-how-to-graphically-show-the-di</a><br>
</span></div>
<div><span style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:19.5px"><br>
</span></div>
<div><font face="verdana, sans-serif" size="4"><span style="line-height:19.5px">I have been attempting to graphically show the distance of data points to its multivariate centroid using DAPC analysis and the function `scatter' in the `adegenet' package in R. </span><span style="line-height:19.5px">After
 splitting the two categorical factors into two separate data frames (coding below), I attempt to produce these scatterplot. I understand this package is used for the analysis of genetic markers, however, I am also under the impression that all types of multivariate
 data can be analysed using this package. I tried to manipulate the data but to no avail.</span></font></div>
<div><span style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:19.5px"><br>
</span></div>
<h1 style="margin:0px 0px 1em;padding:0px;border:0px;font-size:21px;line-height:1.3;word-wrap:break-word;font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif">
Code used to produce figure</h1>
<div>*Split the dataframe into just V4 and G8</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>Just.V4<-LDA.scores[LDA.scores$Family=="V4",]</div>
<div>Just.G8 <-LDA.scores[LDA.scores$Family=="G8",]<br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
<pre style="margin-top:0px;padding:5px;border:0px;font-size:13px;overflow:auto;width:auto;max-height:600px;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;color:rgb(57,51,24);word-wrap:normal;background-color:rgb(238,238,238)"><code style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit"><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(128,128,128)">#Attempt to produce a scatterplot for the categorical factor V4 </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">
library</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">(</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">adegenet</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">)</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">
x</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"><-Just.V4</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">[</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(128,0,0)">2</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">:</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(128,0,0)">13</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">]</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> </span></code></pre>
<div><font face="Consolas, Menlo, Monaco, Lucida Console, Liberation Mono, DejaVu Sans Mono, Bitstream Vera Sans Mono, Courier New, monospace, sans-serif" color="#000000"><span style="background-color:rgb(238,238,238)">*Find the clusters</span></font></div>
<div><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)"><br>
</span></div>
<div><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">grp</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)"><-</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">find.clusters</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">(</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">x</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">,</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">
 max.n.clust</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">=</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(128,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">12</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">,</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">
 na.action</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">=</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(128,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">"omit"</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit;font-size:13px;margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(238,238,238)">)</span><span style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:19.5px"> </span></div>
<div><span style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:19.5px"><br>
</span></div>
<div>
<h1 style="margin:0px 0px 1em;padding:0px;border:0px;font-size:21px;line-height:1.3;word-wrap:break-word;font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif">
The next step is the perform the discriminant analysis of principal components</h1>
<pre style="margin-top:0px;padding:5px;border:0px;font-size:13px;overflow:auto;width:auto;max-height:600px;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;color:rgb(57,51,24);word-wrap:normal;background-color:rgb(238,238,238)"><code style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit"><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> dapc1</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"><-</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">dapc</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">(</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">x</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">,</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> grp</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">$</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">grp</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">)</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">
 scatter</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">(</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">dapc1</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">)</span></code></pre>
<h1 style="margin:0px 0px 1em;padding:0px;border:0px;font-size:21px;line-height:1.3;word-wrap:break-word;font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif">
I have tried many different combinations of code and here are some of the error messages</h1>
<pre style="margin-top:0px;padding:5px;border:0px;font-size:13px;overflow:auto;width:auto;max-height:600px;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;color:rgb(57,51,24);word-wrap:normal;background-color:rgb(238,238,238)"><code style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace,sans-serif;white-space:inherit"><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">Error </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,139)">in</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> dapc.data.frame</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">(</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">x</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">,</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> grp1</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">$</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">grp1</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">)</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">:</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> Inconsistent length </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,139)">for</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> grp
Warning </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,139)">in</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> find.clusters.data.frame</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">(</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">as.data.frame</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">(</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">x</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">),</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(128,0,0)">...</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">)</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">:</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">
NAs introduced by coercion
Error </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,139)">in</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,139)">if</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">(</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">n.pca </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">>=</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> N</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">)</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> warning</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">(</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(128,0,0)">"number of retained PCs of PCA is  greater than N"</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">)</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">:</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> 
missing value where </span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(128,0,0)">TRUE</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)">/</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(128,0,0)">FALSE</span><span style="margin:0px;padding:0px;border:0px;color:rgb(0,0,0)"> needed</span></code></pre>
</div>
<div><span style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:15px;line-height:19.5px"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size:15px;line-height:19.5px"><font face="verdana, sans-serif">If anyone has a solution in terms of how to produce two figures for each categorical factor which illustrates the clusters (12 parameters measured) to its multivariate centroid,
 then thank so much. I have followed lots of tutorials, searched online and read papers, and still do not understand these error and warning messages. </font></span></div>
<div><span style="font-size:15px;line-height:19.5px"><font face="verdana, sans-serif"><br>
</font></span></div>
<div><span style="font-size:15px;line-height:19.5px"><font face="verdana, sans-serif">Thank you if anyone can help.</font></span></div>
<div><span style="font-size:15px;line-height:19.5px"><font face="verdana, sans-serif"><br>
</font></span></div>
<div><span style="font-size:15px;line-height:19.5px"><font face="verdana, sans-serif">Best wishes,</font></span></div>
<div><span style="font-size:15px;line-height:19.5px"><font face="verdana, sans-serif">Kaikash</font></span></div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div></div>