<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#0000ff">Hello,</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#0000ff">I'm attempting to do a PCA and a DAPC on genomic data, 186 individuals spread over 11 putative populations, with just over 4000 loci. I have converted the data to a genlight object. I'm wondering, I know that I have some missing data (markers are present in at least 65% of individuals). In the Adegent manual it specifies that missing data could bias results. How do I know if I have too much missing data, or should I just get rid of all the loci that have missing values before doing the analysis?</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#0000ff">With thanks,</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#0000ff">Ella </div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Ella Bowles<br>PhD Candidate </div><div>Biological Sciences</div>
<div>University of Calgary<br><br>e-mail: <a href="mailto:ebowles@ucalgary.ca" target="_blank">ebowles@ucalgary.ca</a>, <a href="mailto:bowlese@gmail.com" target="_blank">bowlese@gmail.com</a></div><div>website: <a href="http://ellabowlesphd.wordpress.com/" rel="nofollow me" style="color:rgb(59,89,152);font-family:'lucida grande',tahoma,verdana,arial,sans-serif;font-size:11.199999809265137px;line-height:17px" target="_blank">http://<span style="display:inline-block"></span>ellabowlesphd.wordpre<span style="display:inline-block"></span>ss.com/</a></div></div></div>
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