<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style>
<!--
@font-face
        {font-family:"Cambria Math"}
@font-face
        {font-family:Cambria}
@font-face
        {font-family:Calibri}
@font-face
        {font-family:"Segoe UI"}
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif"}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline}
span.StileMessaggioDiPostaElettronica17
        {font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext}
span.StileMessaggioDiPostaElettronica18
        {font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D}
.MsoChpDefault
        {font-size:10.0pt}
@page Section1
        {margin:70.85pt 2.0cm 2.0cm 2.0cm}
-->
</style><style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1" lang="IT" link="blue" vlink="purple">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi Carlo,
<br>
<br>
if you want to be conservative, you can apply Bonferroni correction to your data.
<br>
Here's an example using nancycats:<br>
<br>
> library(adegenet)<br>
> library(pegas)<br>
> temp <- hw.test(nancycats)<br>
<br>
> pval <- temp[,3]<br>
> pval<br>
        fca8        fca23        fca43        fca45        fca77        fca78 <br>
0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 1.622163e-03 0.000000e+00 0.000000e+00 <br>
       fca90        fca96        fca37 <br>
0.000000e+00 1.965095e-14 1.209777e-10 <br>
<br>
> loc.to.keep <- pval < (0.05/nLoc(nancycats)) # use Bonferroni<br>
> loc.to.keep<br>
 fca8 fca23 fca43 fca45 fca77 fca78 fca90 fca96 fca37 <br>
 TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE <br>
> x <- nancycats[loc=loc.to.keep]<br>
<br>
<br>
Here all the loci are kept, but loci at HWE would have been filtered out.<br>
<br>
Cheers<br>
Thibaut<br>
<br>
<br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div class="PlainText">                <br>
==============================<br>
Dr Thibaut Jombart<br>
MRC Centre for Outbreak Analysis and Modelling<br>
Department of Infectious Disease Epidemiology<br>
Imperial College - School of Public Health<br>
Norfolk Place, London W2 1PG, UK<br>
Tel. : 0044 (0)20 7594 3658<br>
http://sites.google.com/site/thibautjombart/<br>
http://sites.google.com/site/therepiproject/<br>
http://adegenet.r-forge.r-project.org/<br>
Twitter: @thibautjombart<br>
<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF578562"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2"><b>From:</b> adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org [adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org] on behalf of Carlo Pecoraro [carlo.pecoraro2@unibo.it]<br>
<b>Sent:</b> 17 August 2015 16:58<br>
<b>To:</b> adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org<br>
<b>Cc:</b> Thibaut Jombart<br>
<b>Subject:</b> [adegenet-forum] I: HWE<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div class="Section1">
<p class="MsoNormal">Hi all,</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I am trying to remove from my dataset those loci in HWE. I have measured it both per population: hwe.pop<-(lapply(seppop(x), hw.test) and per locus hwe.loc<-hw.test(x), B=1000).</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Now I would like to define a threshold (0.05) for the Pr(chi^2>), removing all those loci with a derived P-values above this threshold. How could I perform this analysis? Do you have any suggestion?</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I am wondering if this is the best way to filter my dataset according to the HWE. Any advise would be more than welcome.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Best regards,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Carlo</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span></p>
<div>
<div style="border:none; border-top:solid #B5C4DF 1.0pt; padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Segoe UI","sans-serif"">Da:</span></b><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Segoe UI","sans-serif""> Carlo Pecoraro
<br>
<b>Inviato:</b> lunedì 17 agosto 2015 16:14<br>
<b>A:</b> 'adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org'<br>
<b>Oggetto:</b> HWE</span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">Hi all,</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I am trying to remove from my dataset those loci in HWE. I have measured it both per population: hwe.pop<-(lapply(seppop(x), hw.test) and per locus hwe.loc<-hw.test(x), B=1000).</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Now I would like to define a threshold (0.05) for the Pr(chi^2>), removing all those loci with a derived P-values above this threshold. How could I perform this analysis? Do you have any suggestion?</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I am wondering if this is the best way to filter my dataset according to the HWE. Any advise would be more than welcome.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Best regards,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Carlo</span></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><b><span style="font-size:12.0pt; font-family:"Cambria","serif"; color:#1F497D; background:white" lang="EN-US">--</span></b></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><b><span style="font-size:12.0pt; font-family:"Cambria","serif"; color:#1F497D; background:white" lang="EN-US"> </span></b></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><b><span style="font-size:12.0pt; font-family:"Cambria","serif"; color:#1F497D; background:white" lang="EN-US">Carlo Pecoraro, PhD Candidate</span></b><span style="font-size:13.5pt; font-family:"Segoe UI","sans-serif"; color:black" lang="EN-US"></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><b><span style="font-size:12.0pt; font-family:"Cambria","serif"; color:#1F497D; background:white" lang="EN-US"><br>
</span></b><i><span style="font-size:10.0pt; color:#1F497D; background:white" lang="EN-US">Laboratory of Genetics & Genomics of Marine Resources and Environment (GenoDREAM)<br>
Dept.</span></i><i><span style="font-size:10.0pt; color:#1F497D" lang="EN-US"> <span style="background:white">Biological, Geological & Environmental Sciences (BiGeA)<br>
University of Bologna<br>
Via S. Alberto 163, 48123 Ravenna (Italy)</span></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><i><span style="font-size:10.0pt; color:#1F497D; background:white" lang="EN-US"> </span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><i><span style="font-size:10.0pt; color:#1F497D" lang="EN-US">IRD (Institut de Recherche pour le Développement)<br>
UMR 212 EME (Ecosytèmes Marins Exploités)<br>
BP 570<br>
Victoria, Mahé<br>
Seychelles</span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><i><span style="font-size:10.0pt; color:#1F497D; background:white" lang="EN-US"><br>
</span></i><i><span style="font-size:10.0pt; color:#1F497D; background:white">Ph: +39 3337603101</span></i><i><span style="font-size:10.0pt; color:#1F497D"></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><i><span style="font-size:10.0pt; color:#1F497D; background:white">skype contact: carlo_pecoraro</span></i><i><span style="font-size:10.0pt; color:#1F497D"></span></i></p>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>