<div dir="ltr">Hi Jombart,<div><br></div><div>I'm struggling to install sedarJombart and cannot seem to find the zip file either (I've installed an older R version in the hopes of getting it installed). Any advice?</div><div>Thank you.</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Genevieve<br><div class="gmail_extra"><div><div dir="ltr"><p><br></p></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 30, 2015 at 1:25 PM, Diedericks, G, Me <<a href="mailto:gend@sun.ac.za" target="_blank">gend@sun.ac.za</a>> <span dir="ltr"><<a href="mailto:gend@sun.ac.za" target="_blank">gend@sun.ac.za</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div dir="ltr">
<strong>
<div><font face="Tahoma" color="#000000" size="2"> </font></div>
</strong>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<font face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> Jombart, Thibaut<br>
<b>Sent:</b> 30 July 2015 01:24:53 PM (UTC+02:00) Harare, Pretoria<br>
<b>To:</b> Diedericks, G, Me <<a href="mailto:gend@sun.ac.za" target="_blank">gend@sun.ac.za</a>>; <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<b>Subject:</b> RE: MSPA<br>
</font><br>
<div></div>
<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt"><br>
The graph may be too large for your computer to handle? Rendering of large graphs is typically slow on R's graphic devices. How many nodes do you have?<br>
<br>
Best<br>
Thibaut<br>
<br>
ps: please keep the forum Cced<br>
<br>
<br>
<div>
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div><font size="2"><span style="font-size:10pt"></span></font></div>
</div>
</div>
<div style="font-family:Times New Roman;color:#000000;font-size:16px">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> Diedericks, G, Me <<a href="mailto:gend@sun.ac.za" target="_blank">gend@sun.ac.za</a>> [<a href="mailto:gend@sun.ac.za" target="_blank">gend@sun.ac.za</a>]<br>
<b>Sent:</b> 30 July 2015 12:07<br>
<b>To:</b> Jombart, Thibaut<br>
<b>Subject:</b> Re: MSPA<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi,</p>
<p><br>
</p>
<p>Thanks for the speedy reply! I did as you suggested, but my R session keeps on bombing out or hanging (I am using Rstudio).</p>
<p>Any suggestions on how to fix this?</p>
<p><br>
</p>
<p>Thank you.</p>
<p><br>
</p>
<p>Kind regards,</p>
<p>Genevieve</p>
<p><br>
</p>
<div>
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div><font face="Tahoma" size="2">
<div dir="ltr"><font face="Comic Sans MS" size="3" color="#000000"><em><strong></strong>
<div dir="ltr"><br>
</div>
</em></font></div>
</font></div>
</div>
</div>
</div>
<div style="color:rgb(0,0,0)">
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Jombart, Thibaut <<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk" target="_blank">t.jombart@imperial.ac.uk</a>><br>
<b>Sent:</b> 30 July 2015 12:37 PM<div><div><br>
<b>To:</b> Diedericks, G, Me <<a href="mailto:gend@sun.ac.za" target="_blank">gend@sun.ac.za</a>>; <a href="mailto:adegenet-forum@lists.R-forge.R-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.R-forge.R-project.org</a><br>
<b>Subject:</b> RE: MSPA</div></div></font>
<div> </div>
</div><div><div>
<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt"><font size="2">Hi there,
<br>
<br>
if I remember well, chooseCN has an option to edit the graph manually / interactively. The interface is a bit clunky but it should do the trick.
<br>
<br>
Just set the argument edit.nb=TRUE when creating your graph. <br>
<br>
Cheers<br>
Thibaut<br>
<br>
<br>
</font>
<div style="font-family:Times New Roman;color:#000000;font-size:16px">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a> [<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>] on behalf of Diedericks, G, Me <<a href="mailto:gend@sun.ac.za" target="_blank">gend@sun.ac.za</a>> [<a href="mailto:gend@sun.ac.za" target="_blank">gend@sun.ac.za</a>]<br>
<b>Sent:</b> 30 July 2015 10:24<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:adegenet-forum@lists.R-forge.R-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.R-forge.R-project.org</a><br>
<b>Cc:</b> Diedericks, G, Me <<a href="mailto:gend@sun.ac.za" target="_blank">gend@sun.ac.za</a>><br>
<b>Subject:</b> [adegenet-forum] MSPA<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Good day,</p>
<p><br>
</p>
<p>I'm trying to run a MSPA for a freshwater fish species, sampled at 10 sites along a river. I have chosen the Delaunay Triangulation, but need to edit the connections as some of the sites are below a dam wall, so the fish cannot move back up the river. Could
 you please assist me with this? </p>
<p><br>
</p>
<p>Kind regards,</p>
<p>Genevieve</p>
<p><br>
</p>
<div>
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div><font face="Tahoma" size="2">
<div dir="ltr"><font face="Comic Sans MS" size="3" color="#000000"><em><strong>
<hr>
</strong>
<div dir="ltr"><font size="3" color="#ff0080"><em><font face="Century Schoolbook"><strong>Genevieve
<font color="#ff0080">Diedericks</font></strong></font></em></font></div>
<div dir="ltr"><font face="Century Schoolbook" size="2" color="#ff0080"><em></em></font></div>
<div dir="ltr"><font face="Century Schoolbook" size="2" color="#ff0080"><em>PhD candidate ~ Zoology</em></font></div>
<div dir="ltr"><em><font face="Century Schoolbook" size="2" color="#ff0080">Centre for Invasion Biology (C.I.B)</font></em></div>
<div dir="ltr"><em><font face="Century Schoolbook" size="2" color="#ff0080">Department of Botany & Zoology</font></em></div>
<div dir="ltr"><em><font face="Century Schoolbook" size="2" color="#ff0080">Stellenbosch University</font></em></div>
<div dir="ltr"><em><font face="Century Schoolbook" size="2" color="#ff0080">South Africa</font></em></div>
<div dir="ltr"><font face="Century Schoolbook" size="2" color="#ff0080"><em><a href="tel:%2B27%20%280%29%2021%20808%204135" value="+27218084135" target="_blank">+27 (0) 21 808 4135</a></em></font></div>
</em></font></div>
</font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div></div></div>