<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hello again<br><br></div>I hope you don't mind but I'd like to double check my file conversion to genind.  I understand that missing values are transformed to NA but I don't understand why I have NA values at all loci for some individuals. I have read the information online regarding Genind objects but nothing that explains the conversion of allele data to the values in the Genind object.<br><br></div>For instance my genind object is as follows:<br>> tab(obj[loc=1])<br>        tb109.118 tb109.120 tb109.114 tb109.116 tb109.112 tb109.122 tb109.108<br>GM4_283         1         1         0         0         0         0         0<br>GM336           0         0         1         1         0         0         0<br>GM337          NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA<br>E276            2         0         0         0         0         0         0<br>E277            1         0         0         1         0         0         0<br>E278            0         0         2         0         0         0         0<br><br></div>Whereas my original data file is this:<br>        tb109    tb117    tb129    tb130    tb136    tb187    tb188<br>GM4_283    1    118    108    132    125    122    168    159<br>GM4_283    1    120    112    138    129    122    176    168<br>GM336    1    114    112    128    123    124    168    -9<br>GM336    1    116    112    136    123    128    176    -9<br>GM337    1    -9    110    126    123    126    168    159<br>GM337    1    -9    112    126    123    126    176    174<br>E276    2    118    108    -9    -9    122    166    165<br>E276    2    118    112    -9    -9    122    176    190<br>E277    2    116    108    126    119    124    168    159<br>E277    2    118    112    138    129    128    176    174<br><br></div>What is the mechanism that forces all values of GM336 to be NA values in the Genind, and is this correct?<br><br></div>Thank you once again.<br><br></div>Charlotte<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 29 July 2015 at 01:57, Jombart, Thibaut <span dir="ltr"><<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk" target="_blank">t.jombart@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Hi Charlotte,
<br>
<br>
thanks for a detailed report. <br>
<br>
STRUCTURE files are a bit of a pain because of all the possible options, so in general if you can get them in a different format (e.g. GENETIX, Fstat) it will make your life easier.<br>
<div><br>
Here, your instruction seems okay given the sample of the file, but the file itself seems wrong. STRUCTURE's doc suggests you should remove 'Ind' and 'Pop' from the first line.<br>
<a href="http://pritchardlab.stanford.edu/structure_software/release_versions/v2.3.4/structure_doc.pdf" target="_blank">http://pritchardlab.stanford.edu/structure_software/release_versions/v2.3.4/structure_doc.pdf</a><br>
<br>
It works on the sample provided.<br>
<br>
Was this file generated by STRUCTURE directly?<br>
<br>
If the STRUCTURE standards have changed, please fill in an issue and we'll adapt read.structure:<br>
<a href="https://github.com/thibautjombart/adegenet/issues" target="_blank">https://github.com/thibautjombart/adegenet/issues</a><br>
<br>
Best<br>
Thibaut       <br>
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div><br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
<div style="font-family:Times New Roman;color:#000000;font-size:16px">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2"><b>From:</b> <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a> [<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>] on behalf of Charlotte Hurry [<a href="mailto:charlotte.hurry@griffithuni.edu.au" target="_blank">charlotte.hurry@griffithuni.edu.au</a>]<br>
<b>Sent:</b> 24 July 2015 05:08<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<b>Subject:</b> [adegenet-forum] Problem converting structure file to genind (length of 'dimnames' [2] not equal to array extent)<br>
</font><br>
</div><div><div class="h5">
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<h1><span style="font-weight:normal">Hello</span><br>
</h1>
</div>
</div>
I have been trying to convert my structure file to a genind object but I am having some issues.  I am getting this error and I can't find an appropriate fix.  I have looked through forum history and found a similar issue but the fix suggested didn't work for
 me.<br>
<br>
</div>
my file looks like this:<br>
Ind    Pop    tb109    tb117    tb129    tb130    tb136    tb187    tb188<br>
GM4_283    1    118    108    132    125    122    168    159<br>
GM4_283    1    120    112    138    129    122    176    168<br>
GM336    1    114    112    128    123    124    168    0<br>
GM336    1    116    112    136    123    128    176    0<br>
GM337    1    0    110    126    123    126    168    159<br>
GM337    1    0    112    126    123    126    176    174<br>
E276    2    118    108    0    0    122    166    165<br>
E276    2    118    112    0    0    122    176    190<br>
E277    2    116    108    126    119    124    168    159<br>
E277    2    118    112    138    129    128    176    174<br>
E278    2    114    108    124    121    122    168    162<br>
E278    2    114    112    126    125    128    176    180<br>
<br>
</div>
I used the script<br>
<b>> tems<-read.structure("TBtest1.str",row.marknames=1,onerowperind=FALSE, n.ind=190, n.loc=7, col.lab=1, col.pop=2, ask=TRUE)</b><br>
<br>
</div>
Which brings up the following message, and I press RETURN: <br>
<b> Which other optional columns should be read (press 'return' when done)? 1: <br>
<br>
 Converting data from a STRUCTURE .stru file to a genind object... </b><br>
<br>
Then get this error:<br>
<br>
<b>Error in `colnames<-`(`*tmp*`, value = c("Ind", "Pop", "tb109", "tb117",  : <br>
  length of 'dimnames' [2] not equal to array extent<br>
</b><br>
Has anybody got a fix to get my original STRUCTURE file to work as a Genind object.?<br>
<br>
</div>
As an aside, on the forum I found a work around under the title "Trouble converting to genid object", which converts a read.table document into genind which I followed and I got this error:<br>
Warning message:<br>
In .local(.Object, ...) : NAs introduced by coercion <br>
</div>
and this file:<br>
> head(as.matrix(obj1))<br>
    V1 V2  V3  V4  V5  V6  V7  V8  V9<br>
001 NA NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA<br>
002 NA  1 118 108 132 125 122 168 159<br>
003 NA  1 120 112 138 129 122 176 168<br>
004 NA  1 114 112 128 123 124 168   0<br>
005 NA  1 116 112 136 123 128 176   0<br>
006 NA  1   0 110 126 123 126 168 159<br>
<br>
</div>
So i would like a different solution to my problem if possible.<br>
</div>
Many thanks<br>
</div>
Charlotte<br>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div><br>
<div>
<div>
<div><br>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div dir="ltr"><span>Charlotte<br>
<br>
</span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><span>Charlotte Hurry<br>PhD Candidate<br>Australian Rivers Institute<br>Griffith University<br>07 37356655<br><a href="http://www.griffith.edu.au/environment-planning-architecture/australian-rivers-institute/hdr-students/charlotte-hurry" target="_blank">http://www.griffith.edu.au/environment-planning-architecture/australian-rivers-institute/hdr-students/charlotte-hurry</a></span></div></div>
</div>