<div dir="ltr">Is it possible to remove certain sites from a genind or a genpop object?  I only wish to retain biallelic sites and a few sites with 3 alleles have trickled into my data set.  I could of course go back to VCF and remove those and work back through the pipeline, but a solution within Adegenet would make life much easier.<div><br></div><div>> extra <- mygenind@loc.nall </div><div>> extra2 <- subset(extra, extra > 2)</div><div>> length(extra2)</div><div>5</div><div><br></div><div>> extra2</div><div>loc_156 loc_379 loc_1172 loc_1855 loc_2283</div><div>3           3          3            3            3 </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>