<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<style>
<!--
@font-face
        {font-family:Calibri}
@font-face
        {font-family:Tahoma}
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif"}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif"}
span.EmailStyle17
        {font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext}
span.BalloonTextChar
        {font-family:"Tahoma","sans-serif"}
.MsoChpDefault
        {font-family:"Calibri","sans-serif"}
@page WordSection1
        {margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt}
-->
</style><style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1" lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi Mark<br>
<br>
I think you identified the problem. genind object keep only polymorphic sites. <br>
<br>
You would need to 'repool' your supplementary individuals to make sure loci/alleles match, and then just extract the relevant individuals for the prediction.<br>
<br>
Makes sense?<br>
<br>
Best<br>
Thibaut<br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div class="PlainText">                <br>
==============================<br>
Dr Thibaut Jombart<br>
MRC Centre for Outbreak Analysis and Modelling<br>
Department of Infectious Disease Epidemiology<br>
Imperial College - School of Public Health<br>
Norfolk Place, London W2 1PG, UK<br>
Tel. : 0044 (0)20 7594 3658<br>
http://sites.google.com/site/thibautjombart/<br>
http://sites.google.com/site/therepiproject/<br>
http://adegenet.r-forge.r-project.org/<br>
Twitter: @thibautjombart<br>
<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF790746"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2"><b>From:</b> adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org [adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org] on behalf of Mark Coulson [Mark.Coulson.ic@uhi.ac.uk]<br>
<b>Sent:</b> 19 June 2015 11:23<br>
<b>To:</b> adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org<br>
<b>Subject:</b> [adegenet-forum] supplementary individuals<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi Thibault,</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">I am trying to use the pred.sup function to assign ‘test’ individuals against my baseline data. Both baseline and supplementary individuals files load fine in adegenet but when I run the pred.sup function I get the following:</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:red">Error in predict.dapc(dapc1, newdata=sup):</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:red">                Number of variables in newdata does not match original data.</span></p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">Looking at the dataframes, the baseline says it’s a matrix of 1800 x 70 (which I expect), however the supplementary says 69 for the latter(?). I have found that when  interrogating @loc.fac for the supplementary file, locus27 is only listed
 once, while all others are listed 2x. Perhaps a coincidence but this locus is the only one that is monomorphic  in the supplementary individuals but it is polymorphic in the baseline – would this have any effect?</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">Suggestions?</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">Thanks,</p>
<p class="MsoNormal">Mark</p>
</div>
Inverness College UHI, a partner in the University of the Highlands and Islands www.inverness.uhi.ac.uk Board of Management of Inverness College (known as Inverness College UHI), Scottish Charity No SC021197.
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>