<div dir="ltr">I am trying to do amova on individual loci within a genind object created from a structure formatted data set.<div><br></div><div>Steps I have followed so far:</div><div><br></div><div>mygenind <- import2genind(.....)</div><div><br></div><div>myhier <- read.table('myhier.txt', header=T)</div><div>head(myhier)</div><div><br></div><div><div>      Pop     Reg</div><div>1    1         1</div><div>2    1         1</div><div>3    2         1</div><div>4    2         1</div><div>5    3         2</div><div>6    3         2</div><div>7    4         2</div><div>8    4         2</div><div>9    4         2</div></div><div><br></div><div>mygenclone <- as.genclone(mygenind)</div><div><br></div><div>sethierarchy(mygenclone) <- myhier</div><div><br></div><div>mygenclone_seploc <- seploc(mygenclone, truenames=TRUE, res.type('genind', 'matrix'))</div><div><br></div><div>amova_res <- poppr.amova(mygenclone_seploc, ~Reg/Pop, within=TRUE)</div><div><br></div><div>Error: mygenclone_seploc must be a genind object.</div><div><br></div><div>------------</div><div>Has anyone seen this error before?  If anyone knows a workaround, I would appreciate hearing about it.  The statistic works fine for 'over all loci', but I need to obtain per locus estimates.</div><div><br></div><div>Thanks for any feedback.</div><div>Vikram</div><div><br></div></div>