<div dir="ltr">I use this:<div><br></div><div>Bird_genind <- import2genind('Bird.str', missing='missing', onerowperind=1, n.ind=10, n.loc=20, col.lab=1, col.pop=2, ask=FALSE)</div><div><br></div><div>This assumes you have data coded as one row per individual, with 10 individuals, 20 loci, individual labels in column 1, population labels in column 2.  Also, I code missing data with a '-9'.</div><div><br></div><div>V</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 17, 2014 at 4:09 PM, Spencer Bruce <span dir="ltr"><<a href="mailto:goatsrunfaster@gmail.com" target="_blank">goatsrunfaster@gmail.com</a>></span> wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">I get the following Error Message when I attempt to convert a STRUCTURE file to a genind object:<div><br></div><div><div>Converting data from a STRUCTURE .stru file to a genind object... </div><div><br></div><div>Error in mat[, (ncol(mat) - p + 1):ncol(mat)] : </div><div>  only 0's may be mixed with negative subscripts</div><div>> traceback()</div><div>2: read.structure(file, missing = missing, quiet = quiet, ...)</div><div>1: import2genind("Bird.str")</div><div><br></div><div>I've looked through the data and everything is in order, this runs fine in STRUCTURE and I've never had problems importing STRUCTURE files before.</div><div><br></div><div>Just for the record this is SNP data in haploid format where G,C,A,T is coded for as 1,2,3,4 respectively.</div><div><br></div><div>Any help would be greatly appreciated!</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>-Spencer</div><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Spencer A Bruce<div>113 Hill St. </div><div>Troy, NY 12180<br><a href="tel:518%20225%200787" value="+15182250787" target="_blank">518 225 0787</a></div></div></div>
</font></span></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div></div>