<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi,<br><br></div>You are right. There are only two groups. <br></div>Thanks for clarifying.<br><br></div>Best,<br></div>Emiliano<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 10, 2014 at 4:32 PM, Jombart, Thibaut <span dir="ltr"><<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk" target="_blank">t.jombart@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Hello,
<br>
<br>
I am guessing you have only two groups, in which case there is only one discriminant function for your dataset. Hence the 1-dimensional, density plot. Otherwise, you can select which axis is plotted using the arguments xax and yax.<br>
<br>
Cheers<br>
Thibaut<br>
<div><br>
<div><font><span style="font-size:10pt">
<div>                <br>
==============================<br>
Dr Thibaut Jombart<br>
MRC Centre for Outbreak Analysis and Modelling<br>
Department of Infectious Disease Epidemiology<br>
Imperial College - School of Public Health<br>
Norfolk Place, London W2 1PG, UK<br>
Tel. : 0044 (0)20 7594 3658<br>
<a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">http://sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br>
<a href="http://sites.google.com/site/therepiproject/" target="_blank">http://sites.google.com/site/therepiproject/</a><br>
<a href="http://adegenet.r-forge.r-project.org/" target="_blank">http://adegenet.r-forge.r-project.org/</a><br>
Twitter: @thibautjombart</div>
</span></font></div>
</div>
<div style="font-family:Times New Roman;color:#000000;font-size:16px">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font color="#000000" face="Tahoma"><b>From:</b> <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a> [<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>] on behalf of Emiliano Trucchi [<a href="mailto:emi.trucchi@gmail.com" target="_blank">emi.trucchi@gmail.com</a>]<br>
<b>Sent:</b> 10 December 2014 15:14<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<b>Subject:</b> [adegenet-forum] scatter.dapc function plots only density of individuals<br>
</font><br>
</div><div><div class="h5">
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>Hi there,<br>
<br>
</div>
I have a basic problem with the graphic function scatter.dapc.<br>
</div>
Running<br>
</div>
> scatter(dapc1)<br>
<br>
</div>
<div>I plot the density of individuals in my groups and not the scatterplot as expected.<br>
<br>
</div>
<div>Versions: adegenet 1-4.2; R 3.1.1<br>
<br>
</div>
<div>Thanks in advance for the help<br>
</div>
<div>Emiliano<br>
</div>
<div><br>
<br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div>