<div dir="ltr"><div><div>Dear Federico<br><br></div>Many thanks. Very kind of you the "It would also be completely and utterly idiotic.".<br><br></div>Best wishes<br><br>Roberto<br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-10-30 15:56 GMT+00:00 Federico Calboli <span dir="ltr"><<a href="mailto:f.calboli@imperial.ac.uk" target="_blank">f.calboli@imperial.ac.uk</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On 30 Oct 2014, at 15:40, Roberto Oliveira Santos <<a href="mailto:roberto@geodev.com.br">roberto@geodev.com.br</a>> wrote:<br>
<br>
> Dear all<br>
><br>
> Is it possible to run find.clusters without the PCA analysis?<br>
<br>
</span>I would not know whether find.clusters would like it, but in general you can surely find clusters without bothering with a PCA first — you have a formula, you input some data, you get your results.<br>
<br>
It would also be completely and utterly idiotic.<br>
<br>
You use a PCA before because of correlation betwen the data, and you transform the data with a PCA in a set of independent variables (and you also have an idea of what linear combinations explain little or nothing in the bargain).  You use a PCA to get some signal out of the noise.<br>
<br>
So, you can well not use a PCA and cluster.  You will get some results, that might, or not, look like the results you get after a PCA decomposition.  You will also have biased your clustering to an unknown amount, in a way that is not clear what might actually mean.<br>
<br>
BW<br>
<span class=""><br>
F<br>
<br>
<br>
> I have interested in the clustering procedure but would like to compare the results with and without PCA transformation.<br>
><br>
> Best wishes<br>
><br>
> Roberto<br>
</span>> _______________________________________________<br>
> adegenet-forum mailing list<br>
> <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>