<div dir="ltr">I am revisiting this topic due to some technical problems.<div><br></div><div>The task at hand is to estimate pairwise Fst matrices for each locus separately.</div><div><br></div><div># Genind object is stored in:</div><div>gen100_genind</div><div><br></div><div># Use seploc to separate loci:</div><div>gen100_seploc <- seploc(gen100_genind, truenames=TRUE, res.type=c('genind', 'matrix')</div><div><br></div><div># Calculate pairwise Fst:</div><div>gen100_perLocusPWFst <- lapply(gen100_seploc, pairwise.fst, res.type=c('dist', 'matrix'), trunames=TRUE)</div><div><br></div><div>For a data set consisting of 30 populations, 20 individuals each, 1000 loci and 2 alleles per locus (1.2 million data points), it takes up to 6 hours to estimate the pairwise Fst matrix with this method.</div><div><br></div><div>Is there any way to speed this up?  Should I look into any other packages?<br></div><div><br></div><div>Many thanks for your time and help.</div><div>Vikram</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 14, 2014 at 9:16 AM, Vikram Chhatre <span dir="ltr"><<a href="mailto:crypticlineage@gmail.com" target="_blank">crypticlineage@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Perfect!  Thank you for both solutions.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>V</div></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 14, 2014 at 9:13 AM, Jombart, Thibaut <span dir="ltr"><<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk" target="_blank">t.jombart@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Hi there,<br>
<br>
you can use seploc to separate loci, and lapply over the resulting list using your prefered fst function.<br>
<br>
Cheers<br>
Thibaut<br>
________________________________________<br>
From: <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a> [<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>] on behalf of Vikram Chhatre [<a href="mailto:crypticlineage@gmail.com" target="_blank">crypticlineage@gmail.com</a>]<br>

Sent: 14 July 2014 14:01<br>
To: <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
Subject: [adegenet-forum] Per locus pairwise Fst<br>
<div><div><br>
Good morning.<br>
<br>
I would like to estimate per locus pairwise Fst for populations, but it appears that Adegenet only estimates this over all loci (i.e. single matrix).  What I would like is one matrix per locus.  Has anyone modified the functions or know of alternative programs that can do this?<br>

<br>
Thanks<br>
Vikram<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>