<div dir="ltr">Hi Charlie, <br><br>Good question. Technically, there is no one "correct" statistical solution to your problem. But, there <i>are </i>a number of ways of approaching the problem with more statistical rigour than simply using an arbitrary threshold as you have done. <br>
<br>Have you taken a look at the snpzip function in the adegenet packge? If not, just type "?snpzip" into R with the adegenet package loaded. With this function, you can apply one of seven different hierarchical clustering formulas to the allelic contributions generated by dapc. Essentially, each hierarchical clustering method uses a unique approach to determine where the threshold should be drawn. I should note, however, that this descriptive approach will not have an associated p-value. You may want to try out a few different methods before deciding which variables you want to consider "most significant". <div>
<br></div><div>I hope that helps! <br><br>Best, <br>Caitlin</div></div>