<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi, <br><br></div>I think Nic just wants to color the DAPC scatter plot  not with the identified DAPC groups but with their respective population information.<br></div>So I guess he doesn't want to change the group discrimination method.<br>

<br></div><div>Did I get it right?<br></div><div><br></div>Best wishes,<br></div>Emrah<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 7 August 2014 13:53, Jombart, Thibaut <span dir="ltr"><<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk" target="_blank">t.jombart@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi there,<br>
<br>
simple, just replace grp$grp with the grouping of individuals you want to use for the plot.<br>
<br>
This said, be aware that the analysis is no longer optimal in terms of group discrimination.<br>
<br>
Best<br>
Thibaut<br>
<br>
<br>
==============================<br>
Dr Thibaut Jombart<br>
MRC Centre for Outbreak Analysis and Modelling<br>
Department of Infectious Disease Epidemiology<br>
Imperial College - School of Public Health<br>
Norfolk Place, London W2 1PG, UK<br>
Tel. : 0044 (0)20 7594 3658<br>
<a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">http://sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br>
<a href="http://sites.google.com/site/therepiproject/" target="_blank">http://sites.google.com/site/therepiproject/</a><br>
<a href="http://adegenet.r-forge.r-project.org/" target="_blank">http://adegenet.r-forge.r-project.org/</a><br>
Twitter: @thibautjombart<br>
________________________________________<br>
From: <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a> [<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>] on behalf of Nicolas Dussex [<a href="mailto:nicolas.dussex@gmail.com">nicolas.dussex@gmail.com</a>]<br>


Sent: 07 August 2014 02:15<br>
To: <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
Subject: [adegenet-forum] DAPC scatter plot and individual colour by    population<br>
<div><div class="h5"><br>
Hi,<br>
<br>
I built a DAPC scatter plot without using a priori grouping information (i.e. geographically distinct populations) using this simple command line: dapc1 <- dapc(data, grp$grp).<br>
<br>
I obtained three distinct cluster but now I was wondering how I could  represent each individual with a colour corresponding to their sampling origin rather than to their inferred cluster.<br>
<br>
I couldn't find this information on the manual and was hoping I could get some advice on that.<br>
<br>
Thanks for your help!<br>
Nic<br>
--<br>
Nic Dussex PhD<br>
Department of Zoology<br>
University of Otago<br>
340 Great King Street<br>
P.O.Box 56<br>
Dunedin 9054<br>
New Zealand<br>
<br>
Mobile: 021 02790938<br>
</div></div>_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a><br>
</blockquote></div><br></div>