<div dir="ltr">Perfect!  Thank you for both solutions.<div><br></div><div>V</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 14, 2014 at 9:13 AM, Jombart, Thibaut <span dir="ltr"><<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk" target="_blank">t.jombart@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Hi there,<br>
<br>
you can use seploc to separate loci, and lapply over the resulting list using your prefered fst function.<br>
<br>
Cheers<br>
Thibaut<br>
________________________________________<br>
From: <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a> [<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>] on behalf of Vikram Chhatre [<a href="mailto:crypticlineage@gmail.com">crypticlineage@gmail.com</a>]<br>

Sent: 14 July 2014 14:01<br>
To: <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
Subject: [adegenet-forum] Per locus pairwise Fst<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Good morning.<br>
<br>
I would like to estimate per locus pairwise Fst for populations, but it appears that Adegenet only estimates this over all loci (i.e. single matrix).  What I would like is one matrix per locus.  Has anyone modified the functions or know of alternative programs that can do this?<br>

<br>
Thanks<br>
Vikram<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>