
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>

</head>

<body fpstyle="1" ocsi="0">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;"><br>

<div><br>

<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">

<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">

<div class="PlainText">Hello,  </div>

<div class="PlainText"><br>

</div>

<div class="PlainText">I have run a mantel test with the following code</div>

<div class="PlainText"><br>

</div>

<div class="PlainText">

<div class="PlainText">dna <- read.dna(file = "dna_manteltest.fasta", format = "fasta")</div>

<div class="PlainText">dna.dists <- dist(dna, method = "euclidean")</div>

<div class="PlainText">as.matrix(dna.dists)[1:5, 1:5]</div>

<div class="PlainText">geo <- read.csv(file = "geo_matrix.csv")</div>

<div class="PlainText">geo[1:2, 1:2]</div>

<div class="PlainText">geo.dists <- dist(geo, method = "euclidean")</div>

<div class="PlainText">as.matrix(geo.dists)[1:5, 1:5]</div>

<div class="PlainText">mantelresult<-mantel.rtest(dna.dists, geo.dists, nrepet = 9999)</div>

<div class="PlainText">cor.test(geo.dists, dna.dists)</div>

<div class="PlainText">plot(mantelresult <- mantel.rtest(dna.dists, geo.dists), main = "Mantel's test")</div>

<div class="PlainText">mantelresult</div>

<div class="PlainText"><br>

</div>

<div class="PlainText">From my plot it looks like there should be isolation by distance and a correlation test shows a significant association but my p value for the Monte Carlo test = 1</div>

<div class="PlainText"><br>

</div>

<div class="PlainText">Does anyone have any ideas about this contradiction? I have attached the plot to this email</div>

<div class="PlainText"><br>

</div>

<div class="PlainText">Thank you very much, </div>

<div class="PlainText"><br>

</div>

<div class="PlainText">Kelly</div>

<div class="PlainText"><br>

</div>

<div class="PlainText"><br>

</div>

</div>

</span></font></div>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>