<div dir="ltr"><div>Thanks Miguel,<br></div><br>You found the problem! I searched and replaced the space characters, redo the analysis et voila! I have my two columns per marker.<br><div class="h5">With all the reformatting needed to obtain the A/T format from the original excell file, no wonder how those spaces got into the data!<br>
<br></div><div class="h5">This allows me to rephrase my other question, that got lost in the discussion:<br><br>I tried the scale=F and scale=T in the scaleGen function  but I
 get two radically different results. With scale=T my individuals get 
separated into only two groups; while with scale=F, individuals get more 
"harmoniously" distributed over the 2 first PC axis. Which one would be more 
appropriate according to my data type? Because both seemed in agreement 
with the origin of individuals, I'm not sure which one represents better the 
"real picture".<br><br></div><div class="h5">Thank you all for the help<br><br></div><div class="h5">Andrea<br></div><div class="h5"><br></div><div class="h5"> <br></div></div>