<div dir="ltr">Hi everyone, <div><br></div><div>I'm using PCA/DAPC as well as STRUCTURE with a SNP matrix. I'm getting different results with the two approaches, and the DAPC results are much more logical, biologically speaking (some individuals of a very well-supported cluster in DAPC are being assigned to the other cluster, even though the separation in PC1 is enormous!). Thus, I want to see if the discrepancies of population assignment in STRUCTURE are due to the fact that the DAPC initially transforms the data into vectors that maximize variation, thus effectively weighing my variables differently, while STRUCTURE weighs all SNPs equally. The only strategy I've come up with to investigate this issue further is to generate a table of the loadings of the SNP variables (the original, not the transformed variables after PCA), and prune my matrix to only keep the SNPs with sufficient contributions (setting some post-hoc cutoff). However, I cannot figure out how to print a table of the SNP loadings after the DAPC, or if it's even possible. What I would want is a printed matrix of two columns, one with the SNP names, and another with the contributions/loadings. Could anyone help me with this? Or, does anyone have another suggestion for approaching this issue?</div>

<div><br></div><div>Thank you!!</div><div><br></div><div>~patricia. </div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Patricia Salerno<br>PhD Candidate<br>
Ecology Evolution and Behavior<br>
Section of Integrative Biology<br>
University of Texas at Austin
</div></div>