<div dir="ltr">

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">Dear colleagues of Adegenet forum,<br style>
<br style>
</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">First of all I must congratulate Doctor Thimbault for the wonderful work he
has been so far developed. And following his own suggestion I'm sharing with you a specific
issue raised by the output generated by Monmonier algorithm used for boundary
detection.</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">I have a sample made of 170 individuals, collected on 9 different places
and genotyped for 19 SNPs by Realtime PCR. </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">Before I run this line on the R script I had to explain to you about each one of them: <span style> </span></span></p>


<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">mon1<- monmonier(xy ,D, gab) <span style> </span></span></p>


<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">xy – spatial coordinates UTM/Km) ; </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">D – pairwise allele sharing distance (“Prabclus” package);</span></p>


<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">gab <-chooseCN(xy,ask=FALSE,type=1)<span style> 
</span>(Delaunay Triangulation)</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">plot(mon1,1:170,method=”greylevel”,add.arr=FALSE,bwd=6,col=”red”)</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">From the output produced, it can be clearly seen that there are 4 clusters of
individuals having four scores (50,100,150,200). But, I can't find a way to have access to individual scores. As matter in fact, I consulted in detail all the arguments
provided on Plot function but none of them seemed to me to be on the way I
could extract the individuals scores (IS). </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">I’m wondering if you could give me a hint about it. Any help will be
appreciated. </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">Kind regards,</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:"Times New Roman","serif"" lang="EN-US">Manuela (Biochemist)</span><span style lang="EN-US"></span></p>

</div>