<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I've just started to learn about the package and tried to use it on my own data, but I'm still having some issues which I suspect might be related to data input. I contact you to check whether I'm in the good direction or not.</div>
<div><br></div><div>My initial data are haplogroup frequencies in several (63) populations (total n = 944), so I for genind object construction I decided to treat these (9) haplogroups as haploid alleles of a single marker (i.e. 1 locus, 9 alleles in this case). First I converted my frequencies to absolute frequencies in each population and then I designed a function to retrieve a matrix with individual genotypes to fit a genind structure - 944-row matrix with ones and zeroes corresponding to each individual haplogroup.</div>
<div>Plus, I included a factor assigning these individuals to each population, and a proper xy list including UTM coordinates for each individual.</div><div>After constructing my genind and genpop objects I started performing some DAPC and sPCA analyses, yet I still don't know whether I can trust my results or not, as I haven't found any example handling such input data type to compare to.</div>
<div>Any suggestion for improvement? </div><div>Thank you all in advance.</div><div><br></div><div>Guillermo</div></div>