<div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>I am relatively new to ADEGENET. I have used this program in the past for DAPC and now I am trying to use sPCA. What I usually do is import genepop files into genind files to work in adegenet. However, for the sPCA I need to add the binary L mastrix as an xy coordinate object. I have tried adding the L matrix after the last individual of the genepop file (as shown below), but adegenet cannot read the file. I would really appreciate it if someone can help me get started with the input file. It is a very basic question, but I read the sPCA documentation and it is not clear how you add this matrix to your file.</div>
<div><br></div><div>Thanks in advance for your help.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Margarita</div><div><br></div><div>___________________</div>Microsatellite dataset<br>PP4, PP8, PP11, PP356, PP420, PP588<br>Pop<br>
Pep001_NYI, 220220 154154 194194 130130 380380 430430<br>Pep002_NYI, 220220 154154 194194 130130 372372 430430<br>Pep003_NYI, 218218 154154 194194 130130 380380 431431<br>....<br>Pep655_CA, 226226 146146 194194 134134 372372 428428<br>
Pep656_CA, 226226 146146 194194 134134 372372 428428<br>Pep657_CA, 226226 146146 194194 134134 372372 428428<br>xy<br>Pep001_NYI Pep002_NYI 1<br>Pep002_NYI Pep003_NYI 1<br>....<br>....<br>Pep001_NYI Pep655_CA, 0<br><br></div>