<div dir="ltr">when removing markers with NULL variance within one of the two main groups, it works.<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/7/31 Jombart, Thibaut <span dir="ltr"><<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk" target="_blank">t.jombart@imperial.ac.uk</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Hello,<br>
<br>
no, I'm afraid there is not.<br>
<br>
If you send a reproducible example someone might figure out what's going on. Sorry, I'm on holiday and won't look again at my computer in a while.<br>
<br>
Best<br>
Thibaut<br>
________________________________________<br>
From: <a href="mailto:bouchet.sophie@gmail.com">bouchet.sophie@gmail.com</a> [<a href="mailto:bouchet.sophie@gmail.com">bouchet.sophie@gmail.com</a>] on behalf of sophie bouchet [<a href="mailto:bouchet.sophie@free.fr">bouchet.sophie@free.fr</a>]<br>

Sent: 31 July 2013 10:42<br>
To: Jombart, Thibaut<br>
Cc: <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
Subject: Re: [adegenet-forum] dealing with colinear variables in dapc<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
I guess this is within group variance? because I reu moved very low maf markers.<br>
<div class="im"><br>
Is there any function in adegenet that gives within group variable variance?<br>
<br>
Sophie<br>
<br>
<br>
</div>2013/7/31 Jombart, Thibaut <<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk">t.jombart@imperial.ac.uk</a><mailto:<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk">t.jombart@imperial.ac.uk</a>>><br>
<div class="im">Hello,<br>
<br>
collinearity is not the problem here, but variables with NULL variance give undefined F statistics and should this be discarded.<br>
<br>
Best<br>
Thibaut<br>
________________________________________<br>
</div>From: <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a><mailto:<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>> [<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a><mailto:<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>>] on behalf of sophie bouchet [<a href="mailto:bouchet.sophie@free.fr">bouchet.sophie@free.fr</a><mailto:<a href="mailto:bouchet.sophie@free.fr">bouchet.sophie@free.fr</a>>]<br>

<div class="im">Sent: 30 July 2013 17:00<br>
</div>To: <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><mailto:<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a>><br>

<div class="HOEnZb"><div class="h5">Subject: [adegenet-forum] dealing with colinear variables in dapc<br>
<br>
Dear Thibault,<br>
<br>
When running dapc on a dataset containing 174 individuals and 10000 SNP markers, I obtain this error message :<br>
<br>
Erreur dans lda.default(x, grouping, ...) :<br>
  variables 1 2 appear to be constant within groups<br>
<br>
Do I need to remove colinear markers from the dataset before running dapc?<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Sophie<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>