<div dir="ltr">Hi,<div>I have a matrix very similar to Structure/ADMIXTURE output but produced with a local ancestry algorithm.</div><div><br></div><div>For example for each population (10 populations) I have how much it "copies" from each of the other populations. Visually,It seems that there are 2 main clusters in composition of each populations, so I would like to cluster them. </div>
<div>Unfortunately my matrix is based on relative proportion, and I am afraid that find.cluster function is not suitable because it uses PCA. I was thinking to use the distance matrix of my original data, but I am not sure that it is mathematically correct.</div>
<div><br></div><div>In addition I would like to know the right number of cluster, so I cannot use kmeans, not natively at least.</div><div><br></div><div>Do you have any suggestion?</div><div><br></div><div>Thank you for your help.</div>
<div><br></div><div>Francesco</div></div>