<div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Dear Dr. Jombart,</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I hope this email finds you well. We have exchanged thoughts before, and I wish to thank you for having gotten back to me in the past. </div>

<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I have been going through your latest vignette about dapc in adegenet (Nov 2012). I have used dapc on a butterflyfish hybrid zone in the past (Montanari et al 2012, Ecology and Evolution), and now I am going through a second dataset, and would like to compare the 2. Hence, I have a couple of questions for you:</div>

<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">- am I correct in thinking that I want the same level of stability between the 2 analyses if I am to compare the results? (eg, in both have retained PCs = N/3)</div>

<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">- in your tutorial you mention that dapc$posterior used to construct compoplot are not the same as structure admixture coefficients. Could you point me in a direction that would allow me to understand how they are not? I have run the results through structure and the hybrids show up nicely as 50/50 clustred with parent 1 and 2 (k=2). adegenet also reckons that k=2 should be the best, but the compoplot shows no membership misassignment (even if the # of PCs is conservative). Do you have any suggestions as to why? </div>

<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Hoping to have been clear enough and not to have bored you senseless, I look forward to hearing back from you. </div>

<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Best regards,</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">

Stef</div><div><div><br></div><div>--------------------------</div><div>Stefano R. Montanari</div><div>PhD Candidate</div><div>James Cook University</div><div>School of Marine and Tropical Biology</div><div>ATSIP (Building 145 James Cook Drive)</div>

<div>4811 Townsville QLD</div><div><a href="mailto:stefanomontanari@gmail.com" target="_blank" onclick="window.open('https://mail.google.com/mail/?view=cm&tf=1&to=stefanomontanari@gmail.com&cc=&bcc=&su=&body=','_blank');return false;">stefanomontanari@gmail.com</a></div>

<div>Work: +61 7 4781 5441</div><div>Mob: +61 404 736 509</div></div>
</div>