<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><font face="arial" size="2">Dears</font><div style="font-family: arial; font-size: 10pt; "><br></div><div style="font-family: arial; font-size: 10pt; ">I converted my hj.str data into genind object using the read.structure function. </div><div><font face="arial" size="2">hj<- read.structure(file="hj.str", n.ind=747, n.loc=168344,  onerowperind=TRUE, col.lab=1, col.pop=2, NA.char=-9, ask=FALSE)</font></div><div><font face="arial" size="2"><br></font></div><div><font face="arial" size="2">My data contains two populations (represented by 1 & 2 in pop column of the hj.str data), the data was not sorted by population. How can I define the population of each individual in the genind object hj@pop.</font></div><div><font face="arial" size="2"><br></font></div><div><font face="arial" size="2">I tried this one</font></div><div><font face="arial"
 size="2">pop_1 <- </font><span style="font-family: arial; font-size: small; ">hj@pop==1</span></div><div><span style="font-family: arial; font-size: small; ">pop_2 </span><font face="arial" size="2"><- </font><span style="font-family: arial; font-size: small; ">hj@pop==2</span></div><div><span style="font-family: arial; font-size: small; "><br></span></div><div><span style="font-family: arial; font-size: small; ">However, this has clumped the entire population just into two dots instead of representing each individual in the PCA plot.</span></div><div><span style="font-family: arial; font-size: small; "><br></span></div><div><span style="font-family: arial; font-size: small; ">Any help is appreciated</span></div><div><span style="font-family: arial; font-size: small; "><br></span></div><div><span style="font-family: arial; font-size: small; ">Takele</span></div></td></tr></table>