Hello,<br /><br />I am encountering a problem in importing my SNP position data for a genlight object in adegenet. <br /><br />I upload my genlight object using "read.PLINK" function. My .map file has the following format which is the standard PLINK format (chromosome, snp ID, genetic distance and physical position)<br /><br />1 F0100010 0 7.29827<br />1 F0100020 0 127.006<br />1 F0100030 0 11.4989<br /><br />I used "extract.PLINKmap" function to add the chromosome and position information to my genlight object, but it gives me the error message as follows:<br /><br />"Warning message:<br />In matrix (txt, ncol=4, byrow=TRUE):<br />the length of the data [44706] is not a divisor or multiple of the number of lines [11177]"<br /><br />Therefore, it does not load the position information. The problem is that it does not transform my .map file into a matrix of 4 columns and 44706 rows but it reduces the number of rows to 11177.<br /><br />I would appreciate any suggestion very much.<br /><br />Homa<br /><br /><br /><br /><br /><br /><br />