
<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    Hello,<br>

    <br>

    I have a genlight object (the genlight object has been created with

    plink.raw file using the command "recodeA", I want to use the

    functions "dudi.pca" and "bca" to perform a between group PCA.<br>

    <br>

    I have received this code from Valeria to replace the missing values

    with 0:<br>

    <br>

    <div>mydf<-lapply(your_genlight@gen, as.integer)</div>

    <div>myrepl<-do.call(rbind, lapply(mydf, function(e) replace(e, <a

        href="http://is.na" target="_blank">is.na</a>(e), 0)))</div>

    <div>dudi.pca(myrepl)<br>

      <br>

      This code indeed works and I can perform dudi.pca and bca, but I

      was wondering whether this is correct to replace the missing

      values with 0 as zero itself exists in the plink.raw for the

      markers with no second allele. <br>

      <br>

      Thank you very much in advance,<br>

      Best,<br>

      Sara<br>

    </div>

    <br>

  </body>

</html>