<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div style>I have a question regarding genlight objects. </div><div style><br></div><div style>How can I perform a between group PCA analysis with genlight object?</div><div style><br></div>
<div style>I wanted to use dudi.pca and bca functions but they give me errors about the missing values. I tried to replace the missing values with 0 but this is not correct. Moreover, I receive an error regarding repeated row.names. </div>
<div style><br></div><div style>Thank you very much in advance for your help,</div><div style>Regards,</div><div style>Sara</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 10, 2013 at 3:05 PM, Thiho Jules <span dir="ltr"><<a href="mailto:thjnant@gmail.com" target="_blank">thjnant@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
I have created a genlight object within the package "adegenet". I wanted to do between-group PCA which requires that I first use the funtion, dudi.pca.<br>
<br>
But my genlight object involves "NA" or missing values, therefore, the dudi.pca function gives an error. I would like to know how I can remove the NA in a genlight object?<br>
<br>
I tried na.replace and na.omit but none works, and NA.posi only gives me the position of the missing values.<br>
<br>
Thank you in advance for your help,<br>
Best,<br>
Sara<br>
</blockquote></div><br></div>