Dear Sara,<div><br></div><div>you can modify the @gen slot in the genlight object in this way and use it to run the dudi.pca </div><div><br></div><div>mydf<-lapply(your_genlight@gen, as.integer)</div><div><div>myrepl<-do.call(rbind, lapply(mydf, function(e) replace(e, <a href="http://is.na">is.na</a>(e), 0)))</div>
<div>dudi.pca(myrepl)</div><div><br></div><div>I am very much sure there are smarter codes to do it but I tried it on the flu dataset and it works :p</div><div>Hope this helps</div><div><br></div><div>Ciao</div><div>Valeria</div>
<br><div class="gmail_quote">On 10 January 2013 15:05, Thiho Jules <span dir="ltr"><<a href="mailto:thjnant@gmail.com" target="_blank">thjnant@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hello,<br>
<br>
I have created a genlight object within the package "adegenet". I wanted to do between-group PCA which requires that I first use the funtion, dudi.pca.<br>
<br>
But my genlight object involves "NA" or missing values, therefore, the dudi.pca function gives an error. I would like to know how I can remove the NA in a genlight object?<br>
<br>
I tried na.replace and na.omit but none works, and NA.posi only gives me the position of the missing values.<br>
<br>
Thank you in advance for your help,<br>
Best,<br>
Sara<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.<u></u>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<u></u>project.org/cgi-bin/mailman/<u></u>listinfo/adegenet-forum</a><br>
</blockquote></div><br></div>