Hello<br><div><br></div><div>there is this <a href="http://code.google.com/p/bedtools/">bedtools</a> software that might help out. It can convert .vcf to .bed format and then form .bed to .fasta ...or also from .vcf to .bam, I know it only superficially though.</div>
<div><br></div><div>These problems make me feel old.</div><div><br></div><div>Ciao</div><div><br></div><div>Valeria</div><div><br><div class="gmail_quote">On 11 December 2012 11:25, Jombart, Thibaut <span dir="ltr"><<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk" target="_blank">t.jombart@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi there,<br>
<br>
sorry, I'm useless here, I never used this format.<br>
<br>
Anyone out there may know?<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Thibaut<br>
________________________________________<br>
From: Linda Rutledge [<a href="mailto:lrutledge@trentu.ca">lrutledge@trentu.ca</a>]<br>
Sent: 10 December 2012 19:25<br>
To: Jombart, Thibaut<br>
Cc: <a href="mailto:adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at">adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at</a><br>
Subject: Re: [adegenet-forum] Convert VCF file into genlight<br>
<br>
Hi<br>
<div class="im"><br>
I've been trying to convert to PLINK raw format but no luck so far. I've tried vcftools, PLINK, rplinkseq, IGV, and am now trying GATK. Any suggestions out there for converting VCF to PLINK raw (or into genlight object for analysis in adegenet) appreciated.<br>

<br>
Linda<br>
<br>
<br>
On 2012-12-10, at 6:27 AM, Jombart, Thibaut wrote:<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
if you can use PLINK to convert VCF files to PLINK's raw format, then you can use read.PLINK to generate a genlight.<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Thibaut<br>
________________________________________<br>
</div>From: <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a><mailto:<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>> [<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a><mailto:<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>>] on behalf of Linda Rutledge [<a href="mailto:lrutledge@trentu.ca">lrutledge@trentu.ca</a><mailto:<a href="mailto:lrutledge@trentu.ca">lrutledge@trentu.ca</a>>]<br>

<div class="im">Sent: 07 December 2012 18:32<br>
</div>To: <a href="mailto:adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at">adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at</a><mailto:<a href="mailto:adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at">adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at</a>><br>
<div class="im">Subject: [adegenet-forum] Convert VCF file into genlight<br>
<br>
Hi<br>
<br>
Is there an easy way to convert VCF files of SNPs into genlight format for analysis with adegenet? Thanks.<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
</div><a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><mailto:<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a>><br>

<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>