Dear Mayte,<div><br></div><div>I am not sure there are many many things you can do with your many many loci. I guess you want to do a locus by locus fst and select the outliers as candidate for selective processes. I could suggest you to read this <a href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1755-0998.2011.02987.x/pdf">paper</a> to draw on from.</div>
<div><br></div><div>Ciao</div><div><br></div><div>Valeria<br><br><div class="gmail_quote">On 27 November 2012 16:48, Jombart, Thibaut <span dir="ltr"><<a href="mailto:t.jombart@imperial.ac.uk" target="_blank">t.jombart@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi there,<br>
<br>
adegenet can be used to do a few things, R can do pretty much everything, but first we need to know what you mean by outlying loci. Do you have any trait information to relate alleles to? In any case, there will be multiple testing issue as this is possibly the worst setting for GWAS-type of analysis.<br>

<br>
Cheers<br>
<br>
Thibaut<br>
<br>
________________________________________<br>
From: <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a> [<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org</a>] on behalf of Mayte Ruiz [<a href="mailto:mayaruizz@gmail.com">mayaruizz@gmail.com</a>]<br>

Sent: 27 November 2012 13:58<br>
To: <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
Subject: [adegenet-forum] detecting outliers - loci under selection<br>
<div><div class="h5"><br>
Dear Thibaut Jombart and adegenet users,<br>
<br>
I am working with RAD sequenced data of 2 populations with only 10 individuals each but with many many loci.  I have been searching for a program which detects outliers (loci under selection) from my data.  A colleague has suggested adegenet as a possibility.  Can adegenet be used for this?  I have searched the manual but do not yet find anything explicitly on detecting outlier loci.<br>

<br>
Many thanks,<br>
Mayte<br>
<br>
--<br>
Mayte Ruiz, Ph.D<br>
Post-doctoral Fellow<br>
University of Puerto Rico Rio Piedras<br>
</div></div><a href="mailto:mayaruizz@gmail.com">mayaruizz@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:mayaruizz@gmail.com">mayaruizz@gmail.com</a>><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a><br>
</blockquote></div><br></div>