Dear List,<div><br></div><div>I have SNP data structured as below.  This seems to be accepted as a genind object however the obj@tab suggests to me something strange is going on.  Too many alleles per locus.  Any tips as to where I'm going wrong would be much appreciated.</div>
<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Grant </div><div><br></div><div><br><div><br></div><div><div>> dat <- structure(c("A", "A", "A", "G", "G", "G", "A", "G", "NA", "G", </div>
<div>+ "G", "NA", "A", "A", "A", "A", "G", "A", "A", "C", "A", "A", </div><div>+ "C", "C"), .Dim = c(3L, 8L), .Dimnames = list(c("genot. 1", "genot. 2", </div>
<div>+ "genot. 3"), c("1", "1", "2", "2", "3", "3", "4", "4")))</div><div><br></div><div><br></div><div>         1   1   2    2    3   3   4   4  </div>
<div>genot. 1 "A" "G" "A"  "G"  "A" "A" "A" "A"</div><div>genot. 2 "A" "G" "G"  "G"  "A" "G" "C" "C"</div>
<div>genot. 3 "A" "G" "NA" "NA" "A" "A" "A" "C"</div><div>> </div><div>> </div><div>> </div><div><br></div><div><br></div><div>> obj <- df2genind(dat, ploidy=2, missing = NA)</div>
<div>> </div><div>> </div><div>> obj@tab</div><div>  L1.1 L1.2 L1.3 L1.4 L2.1 L2.2 L2.3 L2.4 L2.5 L3.1 L3.2 L3.3 L3.4 L3.5 L4.1 L4.2 L4.3 L4.4 L4.5 L4.6</div><div>1  0.5  0.5  0.5  0.5  0.5  0.5  0.0  0.5  0.5  0.5  0.5  0.5  0.5  0.0  0.5  0.5  0.0  0.5  0.5  0.0</div>
<div>2  0.5  0.5  0.5  0.5  0.5  0.0  0.5  0.5  0.5  0.5  0.5  0.5  0.0  0.5  0.5  0.0  0.5  0.5  0.0  0.5</div><div>3  0.5  0.5  0.5  0.5   NA   NA   NA   NA   NA  0.5  0.5  0.5  0.5  0.0  0.5  0.5  0.0  0.5  0.0  0.5</div>
</div><div><br></div></div>