Dear all,
<div><br></div><div><br></div><div>I am trying to understanding how seqTrack uses the proximity matrix in the code and I am a bit confused about the following section (line 106 in seqTrack.R):</div><div><br></div><div><div>
        ## Choose the most connected ancestor, given prox.mat</div><div>        if(!is.null(prox.mat)){ # if we've got no other info</div><div>            toKeep <- test.equal(max(prox.mat[ances,idx]), prox.mat[ances,idx])</div>
<div>            ances <- ances[toKeep]</div><div>        }</div></div><div><br></div><div>It seems to me that the ancestor that has the maximum distance to the progenitor, is being kept. Is this correct?</div><div><br>
</div><div>Also how was the threshold in the following chosen and how would this influence a study looking at spread over very short distance:</div><div><br></div><div><div>    ## AUXILIARY FUNCTIONS ##</div><div>    ## test equality in floats</div>
<div>    test.equal <- function(val,vec){</div><div>        return(abs(val-vec) < 1e-12)</div><div>    }</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div><br></div><div>Joseph Hughes</div><div><br>
</div><div><br></div>