<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style>
<!--
.hmmessage p
        {margin:0px;
        padding:0px}
body.hmmessage
        {font-size:10pt;
        font-family:Tahoma}
-->
</style><style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1" class="hmmessage">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hello,
<br>
<br>
you may have forgotten to provide group memberships. What does &quot;pop(obj)&quot; return? If it is missing, you need to provide something for the argument &quot;pop&quot;. See ?find.clusters to identify clusters without priors.<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Thibaut<br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF79970"><font size="2" color="#000000" face="Tahoma"><b>From:</b> adegenet-forum-bounces@r-forge.wu-wien.ac.at [adegenet-forum-bounces@r-forge.wu-wien.ac.at] on behalf of Martin Llewellyn [llewellynmartin@hotmail.com]<br>
<b>Sent:</b> 18 May 2011 16:46<br>
<b>To:</b> adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at<br>
<b>Subject:</b> [adegenet-forum] DAPC<br>
</font><br>
</div>
<div>Hi Thimbaut and adegenet users<br>
<br>
Thanks for your help on getting the package running. All working now.<br>
<br>
I am attempting a DAPC on a genind object containing no missing data with 264 isolates and 24 microsat loci with the arguement:<br>
<br>
dapc &lt;- dapc(obj, pop=NULL, n.pca=NULL, n.da=NULL, scale=TRUE,scale.method=c(&quot;sigma&quot;), truenames=TRUE, all.contrib=FALSE,pca.select=c(&quot;nbEig&quot;), perc.pca=NULL)<br>
<br>
Choose the number PCs to retain (&gt;=1): (I put 2 - 15)<br>
<br>
Message returned is:-<br>
<br>
Error in svd(X, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'<br>
In addition: Warning message:<br>
In .local(x, ...) : Some scaling values are null.<br>
Corresponding alleles are removed.<br>
<br>
Any advice most appreciated<br>
<br>
Thanks<br>
<br>
M<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>