<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hello,
<br>
<br>
that's a good question. Actually I thought about implementing something along these lines for the dapc scatterplot. I agree with Russell's point that relationships between populations are not necessarily best presented by fully bifurcating trees. However, linking
 the populations which are the closest according to a given distance measure (e.g. Fst ) does make sense. I would go for a minimum spanning tree, which is a nice way of showing which are the closest neighbours in terms of genetic distances. It won't be too
 much of a pain to code either.<br>
<br>
I will be working on the next adegenet release over the weeks to come, so will probably give it a go soon.<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Thibaut<br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF961146"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> adegenet-forum-bounces@r-forge.wu-wien.ac.at [adegenet-forum-bounces@r-forge.wu-wien.ac.at] on behalf of Mac Campbell [macampbell2@alaska.edu]<br>
<b>Sent:</b> 29 April 2011 22:48<br>
<b>To:</b> Vladimir Mikryukov<br>
<b>Cc:</b> adegenet forum<br>
<b>Subject:</b> Re: [adegenet-forum] Population clustering idea<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>Vladimir,<br>
<br>
Hey, that worked great. <br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Mac<br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Fri, Apr 29, 2011 at 9:17 AM, Vladimir Mikryukov <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:vmikryukov@gmail.com" target="_blank">vmikryukov@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Here is a draft solution with the built in example:<br>
<br>
library(adegenet)<br>
data(H3N2)<br>
pop(H3N2) &lt;- factor(H3N2$other$epid)<br>
dapc1 &lt;- dapc(H3N2, all.contrib=FALSE, scale=FALSE, n.pca=150, n.da=5)<br>
<br>
hc &lt;- hclust(dist(dapc1$grp.coord))<br>
dend &lt;- as.dendrogram(hc)<br>
plot(dend)<br>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>HTH,<br>
</div>
<div>Vladimir</div>
<div><br>
<span style="color: rgb(102, 102, 102);">--</span><br>
<font style="color: rgb(102, 102, 102);" color="#888888">Vladimir Mikryukov<br>
</font><span style="color: rgb(102, 102, 102);">PhD student</span><br style="color: rgb(102, 102, 102);">
<font color="#888888"><font color="#888888"><font color="#888888"><font color="#888888"><font color="#888888"><font color="#888888"><span style="color: rgb(102, 102, 102);">Institute of Plant &amp; Animal Ecology UD RAS,</span><br style="color: rgb(102, 102, 102);">
<span style="color: rgb(102, 102, 102);">Lab. of Population and Community Ecotoxicology</span><br style="color: rgb(102, 102, 102);">
<span style="color: rgb(102, 102, 102);">[8 Marta 202, 620144, Ekaterinburg, Russia]</span></font></font></font></font></font><br style="color: rgb(102, 102, 102);">
<span style="color: rgb(102, 102, 102);">Tel.&nbsp; <a href="tel:%2B7%20343%20210%2038%2058" value="&#43;73432103858" target="_blank">
&#43;7 343 210 38 58</a> (ext.290),&nbsp; &#43;7 922 61 36 8</span></font> <br>
</div>
<div><br>
</div>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div></div>
<div class="h5">On Fri, Apr 29, 2011 at 10:10 PM, Mac Campbell <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:macampbell2@alaska.edu" target="_blank">macampbell2@alaska.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
</div>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div>
<div></div>
<div class="h5">Hi ,
<div><br>
<div>I was looking at another grad students clustering analysis, and he displayed it as a tree. &nbsp;It was some sort of ecological data. &nbsp; &nbsp;Anyways, I thought it might be useful to compare groups identified through DAPC that way. &nbsp;Display them graphically using
 adegenet, but also provide some sort of tree as a hypothesis of relationships. &nbsp;It would seem to me that this could already by done in R without the need to develop anything new. &nbsp;Does anybody have an idea how to take output from dapc and make a tree?<br>
<br>
Mac</div>
<div><br>
</div>
<div><br clear="all">
<br>
-- <br>
Matthew A Campbell<br>
Department of Biology and Wildlife<br>
University of Alaska, Fairbanks<br>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
Matthew A Campbell<br>
Department of Biology and Wildlife<br>
University of Alaska, Fairbanks<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>