<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0in;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0in;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>A tree depicts bifurcating relationships.&nbsp; Populations do not always diverge in a bifurcating manner (i.e. a population may split into four separate populations.&nbsp; That&#8217;s one reason against using trees to depict relationships among populations. &nbsp;Another reason against using trees is that populations may be connected by gene flow or hybridization.&nbsp; Trees can&#8217;t deal with that.&nbsp; I&#8217;m sure there are other technical reasons, but I&#8217;ll let someone else handle that.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>-Russell<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> adegenet-forum-bounces@r-forge.wu-wien.ac.at [mailto:adegenet-forum-bounces@r-forge.wu-wien.ac.at] <b>On Behalf Of </b>Mac Campbell<br><b>Sent:</b> Friday, April 29, 2011 11:11 AM<br><b>To:</b> adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at<br><b>Subject:</b> [adegenet-forum] Population clustering idea<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal>Hi ,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><p class=MsoNormal>I was looking at another grad students clustering analysis, and he displayed it as a tree. &nbsp;It was some sort of ecological data. &nbsp; &nbsp;Anyways, I thought it might be useful to compare groups identified through DAPC that way. &nbsp;Display them graphically using adegenet, but also provide some sort of tree as a hypothesis of relationships. &nbsp;It would seem to me that this could already by done in R without the need to develop anything new. &nbsp;Does anybody have an idea how to take output from dapc and make a tree?<br><br>Mac<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><br clear=all><br>-- <br>Matthew A Campbell<br>Department of Biology and Wildlife<br>University of Alaska, Fairbanks<o:p></o:p></p></div></div><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>No virus found in this incoming message.<br>Checked by AVG - www.avg.com<br>Version: 8.5.449 / Virus Database: 271.1.1/3602 - Release Date: 04/29/11 06:34:00</span><o:p></o:p></p></div></div></body></html>